PDB-5h8j: Crystal structure of Medicago truncatula N-carbamoylputrescine am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h8j

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula N-carbamoylputrescine amidohydrolase (MtCPA) in complex with cadaverine

要素

N-carbamoylputrescine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / amidase / helical octamer / alpha-beta-beta-alpha sandwich fold / putrescine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

N-carbamoylputrescine amidase / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Malinska, M. / Dauter, Z.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Structural Investigations of N-carbamoylputrescine Amidohydrolase from Medicago truncatula: Insights into the Ultimate Step of Putrescine Biosynthesis in Plants.
著者: Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Malinska, M. / Dauter, Z.

履歴

登録	2015年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	5h8iC 5h8kC 5h8lC 1erzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h8l-2 5h8i-1 5h8k-2 5h8i-2 5h8l-1 5h8k-1 6ybb-d 5txv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

B: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

C: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

D: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

E: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

F: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

G: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

H: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

I: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

J: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

K: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

L: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

M: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

N: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

O: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

P: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

ヘテロ分子

551 kDa, 16 ポリマー
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1

A: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

B: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

C: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

D: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

E: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

F: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

G: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

H: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
276 kDa, 8 ポリマー
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2

I: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

J: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

K: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

L: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

M: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

N: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

O: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

P: N-carbamoylputrescine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
275 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.269, 211.041, 208.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Octamers according to Gel filtration

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質	N-carbamoylputrescine amidohydrolase 分子量: 34130.660 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_2g086600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD (DE3) / 参照: UniProt: G7ITU5

-
非ポリマー , 6種, 3292分子

#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE 分子量: 102.178 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄N₂
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 8% Tacsimate at pH 7.0, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→40 Å / Num. obs: 340107 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.16 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ERZ

1erz

解像度: 2.19→39.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 11.575 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	3402	1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.172	336704	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.19→39.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37395	0	301	3242	40938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	38614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	36842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.9	52143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3.013	84674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.3	5	4717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.381	24.077	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.447	15	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.256	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	43866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	9184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.73	1.428	18853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.73	1.428	18852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.266	2.134	23533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.266	2.134	23534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.943	1.561	19761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.943	1.561	19761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.499	2.278	28597
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.701	13.301	45315
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.7	13.303	45316
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.25 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	226	-
R_work	0.288	22344	-
obs	-	-	89.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6274	-0.0254	-0.3126	3.0255	1.6439	2.2526	-0.0523	-0.5351	0.1273	0.4924	0.0103	-0.0381	-0.0763	-0.0023	0.042	0.3724	0.0263	-0.0013	0.5326	-0.2033	0.2815	38.572	92.509	-13.363
2	2.2494	0.0695	0.0264	1.4947	0.3736	1.1697	-0.0421	-0.3019	0.1313	-0.0022	0.0572	-0.2814	-0.0318	0.1601	-0.0151	0.2386	-0.0048	0.0303	0.3522	-0.071	0.1356	57.742	74.729	-34.307
3	0.8126	0.1706	-0.029	2.2503	0.1533	1.2477	-0.0405	-0.0193	0.2506	-0.3218	-0.0151	0.3304	-0.2031	-0.0937	0.0556	0.3261	0.0636	-0.0848	0.2801	-0.0255	0.1209	23.751	74.112	-54.021
4	1.0054	0.1606	0.0914	1.7556	0.2855	1.0745	0.0251	0.1108	-0.1008	-0.3062	0.0088	-0.0845	0.0549	0.0424	-0.0339	0.3413	0.0573	-0.0052	0.2963	-0.0219	0.0139	35.858	43.804	-61.202
5	1.4657	0.0027	0.379	1.4446	-0.1576	1.3616	0.0679	-0.2557	-0.0797	0.1117	-0.0897	0.2915	0.0668	-0.2065	0.0217	0.2488	-0.045	0.0015	0.3932	-0.0069	0.1182	10.865	35.071	-32.566
6	1.5792	-0.0989	0.2112	1.955	-1.0001	1.4414	0.1532	-0.2734	-0.4458	0.0507	-0.1898	-0.1556	0.3164	0.1305	0.0366	0.3994	-0.0171	-0.0798	0.3828	0.138	0.283	35.23	13.18	-26.004
7	1.4967	-0.1935	0.0805	1.6537	-0.026	2.1343	0.086	-0.5031	0.1265	0.5214	-0.1669	-0.2566	-0.4346	0.2258	0.0809	0.8287	-0.2671	-0.1684	0.9271	-0.0535	0.2157	43.563	40.816	-0.048
8	3.1517	-0.696	0.5193	1.6637	0.2874	1.8238	0.0869	-0.2242	0.0697	0.0974	-0.068	-0.9562	-0.0911	0.7954	-0.0189	0.6203	-0.1681	-0.2655	1.2527	0.0673	0.8778	73.837	28.947	-8.452
9	1.7541	-0.0982	-0.5373	2.9952	2.1343	2.5087	-0.0214	-0.3074	0.0652	0.3893	0.0568	-0.0081	-0.0407	0.0926	-0.0353	0.3459	-0.0441	0.0537	0.369	-0.0887	0.2075	38.683	88.262	90.614
10	2.0895	0.168	-0.2803	1.3835	0.3147	1.1351	-0.03	-0.1827	0.1125	-0.017	0.0684	-0.22	-0.0351	0.2326	-0.0384	0.2615	-0.0664	0.0654	0.3566	-0.0725	0.1174	58.029	70.308	70.021
11	0.9599	0.2379	-0.1334	2.2873	0.0953	1.1842	-0.0388	0.1066	0.2653	-0.3589	0.037	0.3514	-0.25	-0.0539	0.0017	0.3716	0.0102	-0.0705	0.3052	0.0248	0.1165	23.977	69.854	50.253
12	1.023	0.3235	0.0387	1.7303	0.0754	1.0656	-0.0783	0.186	-0.1158	-0.3594	0.1	-0.0875	0.0286	0.0822	-0.0216	0.3459	-0.0108	0.0186	0.3471	-0.0472	0.0168	35.741	39.382	43.293
13	1.3134	-0.2697	0.5459	1.4482	-0.2051	1.2283	-0.0663	-0.1394	-0.0905	0.1108	0.0544	0.3795	0.0314	-0.1467	0.0119	0.2246	0.0046	0.0562	0.3111	-0.004	0.1621	10.39	30.961	71.801
14	1.1419	-0.2598	0.3324	1.4376	-0.6973	1.258	0.057	-0.0577	-0.2502	0.0846	-0.0062	0.0295	0.2072	0.0566	-0.0508	0.3278	0.0309	0.0195	0.2925	0.008	0.1661	34.543	8.99	78.631
15	1.5241	-0.3106	0.0787	1.1835	0.2124	1.9876	-0.1511	-0.2796	0.2078	0.34	0.0908	-0.1379	-0.2546	0.0889	0.0604	0.5315	0.0329	-0.0843	0.5098	-0.0645	0.1231	42.703	36.88	104.692
16	4.03	-1.0617	0.5893	1.2946	0.4613	1.9761	-0.0911	0.0063	0.2794	0.1737	0.1061	-0.7091	-0.1586	0.6183	-0.0151	0.4325	-0.0002	-0.1868	0.751	-0.0469	0.5302	73.248	25.343	96.543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 303
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 303
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 303
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 303
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 303
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 303
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	1 - 303
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	1 - 303
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	1 - 303
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	1 - 303

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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