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- PDB-5h8a: Mmi1 YTH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h8a
タイトルMmi1 YTH domain
要素YTH domain-containing protein mmi1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA binding / fission yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island ...: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / lncRNA catabolic process / CCR4-NOT complex binding / protein-RNA adaptor activity / regulatory ncRNA 3'-end processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / pre-mRNA binding / lncRNA binding / mRNA destabilization / pre-mRNA intronic binding / mRNA binding / chromatin / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA binding exosome specificity factor Mmi1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Chatterjee, D. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM52470 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: Transcription of lncRNA prt, clustered prt RNA sites for Mmi1 binding, and RNA polymerase II CTD phospho-sites govern the repression of pho1 gene expression under phosphate-replete ...タイトル: Transcription of lncRNA prt, clustered prt RNA sites for Mmi1 binding, and RNA polymerase II CTD phospho-sites govern the repression of pho1 gene expression under phosphate-replete conditions in fission yeast.
著者: Chatterjee, D. / Sanchez, A.M. / Goldgur, Y. / Shuman, S. / Schwer, B.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing protein mmi1
B: YTH domain-containing protein mmi1
C: YTH domain-containing protein mmi1
D: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9764
ポリマ－80,9764
非ポリマー00
水15,241846
1
A: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2441
ポリマ－20,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2441
ポリマ－20,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2441
ポリマ－20,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2441
ポリマ－20,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.815, 79.562, 195.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
YTH domain-containing protein mmi1 / Meiotic mRNA interception protein 1


分子量: 20243.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mmi1, SPCC736.12c / プラスミド: pET28b-His10Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74958
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 78868 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 24.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化解像度: 1.751→48.798 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The conformation of PRO B 313 could not be determined with certainty due to poor electron density. Thus cis conformation may be a refinement artifact.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 1970 2.54 %
Rwork0.1874 --
obs0.1879 77413 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.751→48.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5473 0 0 846 6319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7977520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8333388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7513-1.79510.23911320.2224903X-RAY DIFFRACTION90
1.7951-1.84360.23481340.21225164X-RAY DIFFRACTION95
1.8436-1.89780.25311360.21355226X-RAY DIFFRACTION96
1.8978-1.95910.23391370.20565269X-RAY DIFFRACTION97
1.9591-2.02910.22641380.20425321X-RAY DIFFRACTION98
2.0291-2.11040.21751380.19815338X-RAY DIFFRACTION98
2.1104-2.20640.23981410.20215377X-RAY DIFFRACTION98
2.2064-2.32270.22741430.20265445X-RAY DIFFRACTION99
2.3227-2.46830.21791430.19445458X-RAY DIFFRACTION99
2.4683-2.65880.2091430.1985473X-RAY DIFFRACTION99
2.6588-2.92640.19281430.19535525X-RAY DIFFRACTION100
2.9264-3.34970.21131450.18735525X-RAY DIFFRACTION100
3.3497-4.220.20161450.15915596X-RAY DIFFRACTION100
4.22-48.81720.16121520.17625823X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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