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- PDB-5h89: Crystal structure of mRojoA mutant - T16V - P63Y - W143G - L163V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h89
タイトルCrystal structure of mRojoA mutant - T16V - P63Y - W143G - L163V
要素mRojoA fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / quantum yield / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAmCherry1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Pandelieva, A.T. / Tremblay, V. / Sarvan, S. / Chica, R.A. / Couture, J.-F.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Brighter Red Fluorescent Proteins by Rational Design of Triple-Decker Motif.
著者: Pandelieva, A.T. / Baran, M.J. / Calderini, G.F. / McCann, J.L. / Tremblay, V. / Sarvan, S. / Davey, J.A. / Couture, J.F. / Chica, R.A.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRojoA fluorescent protein
B: mRojoA fluorescent protein
C: mRojoA fluorescent protein
D: mRojoA fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5044
ポリマ－110,5044
非ポリマー00
水9,944552
1
A: mRojoA fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6261
ポリマ－27,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: mRojoA fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6261
ポリマ－27,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: mRojoA fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6261
ポリマ－27,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: mRojoA fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6261
ポリマ－27,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.031, 108.149, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
mRojoA fluorescent protein


分子量: 27626.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: PAmCherry / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MPT3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
由来についての詳細THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, ...THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, AND GLY 68 form a CHROMOPHORE residue CH6. This is a new engineered protein for which the starting point is also an engineered protein. Namely, it was generated using the sequence corresponding to the structure 3NEZ. The mutations listed in the title refer to the mutations compared to 3NEZ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 125mM Bis-Tris, 200mM MgCl2 and 25% Peg3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→71.39 Å / Biso Wilson estimate: 19.11 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.76→71.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 4277 5.02 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 85121 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5166 Å20 Å22.1054 Å2
2---3.7841 Å20 Å2
3----0.7326 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→71.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6849 0 92 552 7493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.149696HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2544SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes184HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1105HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7207HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion866SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8499SEMIHARMONIC4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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