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- PDB-5h4e: Crystal structure of a beta-1,3-glucanase domain (GH64) from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h4e
タイトルCrystal structure of a beta-1,3-glucanase domain (GH64) from Clostridium beijerinckii
要素beta 1-3 glucanase
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 3-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / : / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin ...Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / : / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Osmotin/thaumatin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta and gamma crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.863 Å
データ登録者Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific and Industrial Research インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a beta-1,3-glucanase domain (GH64) from Clostridium beijerinckii
著者: Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_fragment / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct.pdbx_descriptor / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_related_exp_data_set
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta 1-3 glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9761
ポリマ－41,9761
非ポリマー00
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.758, 72.838, 56.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 beta 1-3 glucanase


分子量: 41976.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-589 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 (バクテリア)
株: NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_2825 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6LX94
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
解説: During the crystallization process N-terminal region got cleaved.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 28957 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 40.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Num. measured obs: 2530 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
AUTOMARデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GD0

3gd0


解像度: 1.863→23.637 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 1460 5.04 %
Rwork0.1612 --
obs0.164 28955 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.863→23.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2969 0 0 460 3429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0054172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1031056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8627-1.92920.27741280.19492567X-RAY DIFFRACTION90
1.9292-2.00640.27171410.18992696X-RAY DIFFRACTION94
2.0064-2.09770.27441300.18342712X-RAY DIFFRACTION95
2.0977-2.20820.24941390.17732722X-RAY DIFFRACTION95
2.2082-2.34640.23091500.18142719X-RAY DIFFRACTION96
2.3464-2.52740.26111510.18512773X-RAY DIFFRACTION97
2.5274-2.78140.24271360.1892790X-RAY DIFFRACTION97
2.7814-3.18310.23651450.17292811X-RAY DIFFRACTION98
3.1831-4.00710.19171760.142820X-RAY DIFFRACTION99
4.0071-23.63850.15681640.12832885X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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