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- PDB-5h4d: Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h4d
タイトルCrystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride
要素
  • ARG-HIS-LYS
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / SIRT3 Amiodarone agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BBI / 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Zhang, S. / Fu, L. / Liu, J. / Liu, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride
著者: Zhang, S. / Fu, L. / Liu, J. / Liu, B.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_src_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: ARG-HIS-LYS
H: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: ARG-HIS-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,97716
ポリマ－61,6174
非ポリマー3,36012
水00
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: ARG-HIS-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3827
ポリマ－30,8092
非ポリマー1,5745
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: ARG-HIS-LYS
H: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5949
ポリマ－30,8092
非ポリマー1,7867
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.560, 114.560, 123.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AHDC

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 30195.838 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 121-391 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド ARG-HIS-LYS


分子量: 612.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BBI / (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone / アミオダロン


分子量: 645.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H29I2NO3 / コメント: 薬剤, 抗不整脈薬*YM
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-MCM / 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / 7-AMINO-4-METHYLCOUMARIN / 7-アミノ-4-メチルクマリン


分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 197 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→77.32 Å / Num. obs: 5871 / % possible obs: 59.5 % / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/av σ(I): 2.75 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.261.10.7430.323165.7
3.26-3.311.20.6520.525165.3
3.31-3.381.10.3840.64166.3
3.38-3.451.20.6370.522162.6
3.45-3.521.10.4290.516164
3.52-3.61.20.3420.675162
3.6-3.691.20.3450.55161
3.69-3.791.20.2050.867157.3
3.79-3.911.10.2510.862162.4
3.91-4.031.10.2880.75155.1
4.03-4.181.20.220.887156.8
4.18-4.341.20.1880.894158.6
4.34-4.541.30.1480.915161.4
4.54-4.781.30.1610.914160.1
4.78-5.081.30.1380.954158.6
5.08-5.471.30.1710.904159.4
5.47-6.021.30.1570.881156.3
6.02-6.891.30.160.904153.4
6.89-8.671.30.0830.979153.2
8.67-501.60.0820.959150.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→77.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.613 / SU B: 47.808 / SU ML: 0.813 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.299
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3716 285 4.9 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2202 5583 59.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 212.55 Å2 / Biso mean: 35.979 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.44 Å2-0 Å2
2--0.89 Å2-0 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→77.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4365 0 161 0 4526
Biso mean--97.23 --
残基数----551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3092.0326329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.00810234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8555544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57622.667195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74415715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6291540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4613.4642196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.463.4642196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6075.1952732
LS精密化 シェル解像度: 3.206→3.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 22 -
Rwork0.286 429 -
all-451 -
obs--61.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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