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- PDB-5h36: Crystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h36
タイトルCrystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation channel orthologue from Rhodobacter sphaeroides
要素Uncharacterized protein TRIC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channels
機能・相同性Glycine transporter / Glycine transporter / plasma membrane / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Glycine transporter domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.409 Å
データ登録者Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Hattori, M. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation channel orthologues
著者: Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Maturana, A.D. / Kumazaki, K. / Fujiwara, Y. / Liu, K. / Nakada-Nakura, Y. / Iwata, S. / Tsukada, K. / Komori, T. / Uemura, S. / Goto, Y. / Nakane, T. / Takemoto, ...著者: Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Maturana, A.D. / Kumazaki, K. / Fujiwara, Y. / Liu, K. / Nakada-Nakura, Y. / Iwata, S. / Tsukada, K. / Komori, T. / Uemura, S. / Goto, Y. / Nakane, T. / Takemoto, M. / Kato, H.E. / Yamashita, K. / Wada, M. / Ito, K. / Ishitani, R. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
E: Uncharacterized protein TRIC
A: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9254
ポリマ－45,5672
非ポリマー1,3582
水00
1
E: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3886
ポリマ－68,3513
非ポリマー2,0373
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein TRIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3886
ポリマ－68,3513
非ポリマー2,0373
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.010, 156.010, 82.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein TRIC


分子量: 22783.598 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_3856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3HKN0
#2: 化合物 ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25-32% (v/v) PEG 400, 20-70mM Li2SO4, 20-70mM Na2SO4, 50mM Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.409→50 Å / Num. obs: 9730 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.409→45.036 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 967 9.94 %
Rwork0.2471 --
obs0.2627 9730 95.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.409→45.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 28 0 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.963919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.692950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4249-3.60530.31341120.25351001X-RAY DIFFRACTION70
3.6053-3.83110.32881420.24661283X-RAY DIFFRACTION90
3.8311-4.12670.31671430.26151296X-RAY DIFFRACTION90
4.1267-4.54160.29731430.26281287X-RAY DIFFRACTION90
4.5416-5.19780.24341400.26591301X-RAY DIFFRACTION90
5.1978-6.54510.25341420.26611290X-RAY DIFFRACTION90
6.5451-43.40560.26991450.25851290X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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