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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h2u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PTK6 Kinase Domain complexed with Dasatinib | ||||||
要素 | Protein-tyrosine kinase 6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Kinase / BRK / PTK6 / Dasatinib | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization ...PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / PTK6 Down-Regulation / PTK6 Regulates Cell Cycle / positive regulation of cell cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / ruffle / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Cytoprotection by HMOX1 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / positive regulation of neuron projection development / Cyclin D associated events in G1 / cell migration / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / cell differentiation / nuclear body / protein phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Thakur, M.K. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Tyagi, R. / Gosu, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: Co-crystal structures of PTK6: With Dasatinib at 2.24 angstrom , with novel imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine derivative inhibitor at 1.70 angstrom resolution 著者: Thakur, M.K. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Battula, S.K. / Vadivelu, S. / Tyagi, R. / Gosu, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h2u.cif.gz | 241.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h2u.ent.gz | 195.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5h2u_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5h2u_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5h2u_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5h2u_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30864.621 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP residues 185-446 / 変異: C433T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK6 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13882, non-specific protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | ChemComp-1N1 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-Lithium citrate, 20 %(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54789 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年10月28日 / 詳細: VariMax HR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→84.52 Å / Num. obs: 58073 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 83.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5D7V 解像度: 2.24→84.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 7.965 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.73 Å2 / Biso mean: 33.687 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.24→84.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.241→2.299 Å / Total num. of bins used: 20
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