PDB-5h2t: Structure of trehalose synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h2t

タイトル

Structure of trehalose synthase

要素

Trehalose synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosylhydrolases / transglycosylase

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.796 Å

データ登録者

Wang, D. / Huang, H. / Zhou, J. / Jiang, L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of trehalose synthase
著者: Wang, D. / Huang, H. / Zhou, J. / Jiang, L.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h2t.cif.gz	841.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h2t.ent.gz	703.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h2t_validation.pdf.gz	512.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h2t_full_validation.pdf.gz	592.4 KB	表示
XML形式データ	5h2t_validation.xml.gz	143.7 KB	表示
CIF形式データ	5h2t_validation.cif.gz	195.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zo9-1 4lxf-1 6weu-d 1aso-2 6wfj-d 6wev-d 8794 1asq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Trehalose synthase

B: Trehalose synthase

C: Trehalose synthase

D: Trehalose synthase

E: Trehalose synthase

F: Trehalose synthase

G: Trehalose synthase

H: Trehalose synthase

555 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trehalose synthase

C: Trehalose synthase

E: Trehalose synthase

H: Trehalose synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
277 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Trehalose synthase

D: Trehalose synthase

F: Trehalose synthase

G: Trehalose synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
277 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	248.760, 133.116, 211.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Trehalose synthase 分子量: 69347.805 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア) 株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9 遺伝子: Tcur_3584 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: D1ABU6

#1: タンパク質

Trehalose synthase

分子量: 69347.805 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9
遺伝子: Tcur_3584
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: D1ABU6

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris PH 5.5, 1% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.796→43.57 Å / Num. obs: 156232 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155	精密化
HKL-3000		data processing
SCALA		データスケーリング
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.796→43.567 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	7736	4.95 %
R_work	0.2053	-	-
obs	0.2076	156187	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.796→43.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35628	0	0	0	35628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	36720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.474	50058
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.444	13582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	5120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	6648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7955-2.8273	0.3527	223	0.28	4320	X-RAY DIFFRACTION	85
2.8273-2.8606	0.3403	229	0.28	4756	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8606-2.8954	0.3392	282	0.2774	4856	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8954-2.9321	0.3454	256	0.2743	4907	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9321-2.9707	0.3489	279	0.2668	4888	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9707-3.0113	0.3414	276	0.2622	4988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0113-3.0543	0.3104	283	0.2645	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0543-3.0999	0.3467	249	0.2604	4948	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0999-3.1484	0.3032	253	0.2512	4972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1484-3.2	0.3095	265	0.2437	4950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.2551	0.3026	246	0.2491	4989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2551-3.3143	0.2874	267	0.2452	4955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3143-3.378	0.2896	289	0.2461	4942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.4469	0.3266	252	0.2427	4983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.5218	0.2936	240	0.2285	5030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5218-3.6037	0.2627	249	0.2216	4970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6037-3.6938	0.3425	243	0.28	4994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6938-3.7936	0.2599	269	0.2166	4971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7936-3.9052	0.2348	258	0.1937	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9052-4.0312	0.2381	296	0.1915	4958	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0312-4.1751	0.2315	259	0.1738	4942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1751-4.3421	0.1891	288	0.1665	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3421-4.5396	0.2143	264	0.1608	5012	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5396-4.7786	0.1844	235	0.1546	5023	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7786-5.0776	0.1929	247	0.1577	5014	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0776-5.469	0.2259	262	0.1661	5009	X-RAY DIFFRACTION	100
5.469-6.018	0.2485	229	0.1943	5056	X-RAY DIFFRACTION	100
6.018-6.8859	0.2147	246	0.1779	5028	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8859-8.6643	0.1992	241	0.1687	5073	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6643-43.5722	0.1696	261	0.1676	5079	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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