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- PDB-5h1v: Complex structure of TRIM24 PHD-bromodomain and inhibitor 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1v
タイトルComplex structure of TRIM24 PHD-bromodomain and inhibitor 6
要素Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / TRANSCRIPTION TRANSCRIPTION INHIBITOR / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / : / male germ cell nucleus / regulation of signal transduction by p53 class mediator ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / : / male germ cell nucleus / regulation of signal transduction by p53 class mediator / epithelial cell proliferation / nuclear receptor binding / protein catabolic process / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Hydrazino-1,3-benzothiazole-6-carbohydrazide / Transcription intermediary factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Liu, J.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: The polar warhead of a TRIM24 bromodomain inhibitor rearranges a water-mediated interaction network
著者: Liu, J. / Li, F. / Bao, H. / Jiang, Y. / Zhang, S. / Ma, R. / Gao, J. / Wu, J. / Ruan, K.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2499
ポリマ－42,4632
非ポリマー7867
水2,576143
1
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6645
ポリマ－21,2311
非ポリマー4324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5854
ポリマ－21,2311
非ポリマー3543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.028, 36.027, 113.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif- ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif-containing protein 24


分子量: 21231.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 824-1006 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG'
参照: UniProt: O15164, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-7FU / 2-Hydrazino-1,3-benzothiazole-6-carbohydrazide


分子量: 223.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N5OS
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, 2%(v/v) Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 27040 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.931 / Net I/av σ(I): 19.897 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 126161
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.074.70.39726260.9260.2020.4470.62598.6
2.07-2.154.50.29826660.940.1560.3380.58198.3
2.15-2.254.50.24526840.9450.1290.2780.75998.2
2.25-2.374.80.18127300.9760.0910.2040.67299.7
2.37-2.524.80.13926800.9850.0710.1570.70499.1
2.52-2.714.70.1126910.9880.0560.1240.77798.6
2.71-2.994.60.08526780.9920.0440.0960.93398
2.99-3.424.90.06927500.9940.0350.0781.19199.4
3.42-4.314.50.05626910.9960.0290.0641.50197.2
4.31-404.60.05328440.9970.0270.061.53598.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H1T

5h1t


解像度: 2.002→37.464 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 1359 5.03 %
Rwork0.1804 25650 -
obs0.1825 27009 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.54 Å2 / Biso mean: 34.8989 Å2 / Biso min: 14.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→37.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2760 0 44 143 2947
Biso mean--51.2 35.67 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7573868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.911737
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0021-2.07360.24521120.17792451256396
2.0736-2.15660.25171380.18752528266698
2.1566-2.25480.25271350.18782549268498
2.2548-2.37360.23171260.186326182744100
2.3736-2.52230.2571400.18462545268599
2.5223-2.7170.23881240.19952566269099
2.717-2.99030.2641350.20642566270198
2.9903-3.42280.24161670.19882580274799
3.4228-4.31130.18071400.1582560270097
4.3113-37.47040.18541420.16522687282998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2478 Å / Origin y: -0.6278 Å / Origin z: 13.045 Å
111213212223313233
T0.158 Å20.0035 Å20.0407 Å2-0.1431 Å2-0.012 Å2--0.2219 Å2
L0.2298 °20.0113 °20.2981 °2-0.4077 °20.0926 °2--1.3619 °2
S-0.0083 Å °-0.0324 Å °0.0123 Å °0.0967 Å °0.0247 Å °0.0289 Å °-0.0261 Å °-0.0258 Å °-0.0144 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA825 - 1006
2X-RAY DIFFRACTION1allB825 - 1006
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 1
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 54
6X-RAY DIFFRACTION1allF55 - 155
7X-RAY DIFFRACTION1allE2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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