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万見
- PDB-5h13: EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED396 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h13
タイトルEED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED396
要素Polycomb protein EED
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / EED / PRC2 / inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LQA / PRASEODYMIUM ION / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, K. / Zhao, M. / Luo, X. / Zhang, H.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recognition by EED
著者: Li, L. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, M. / Feng, L. / Luo, X. / Gao, Z. / Huang, Y. / Ardayfio, O. / Zhang, J.H. / Lin, Y. / Fan, H. / Mi, Y. / Li, G. / Liu, L. / Feng, L. / Luo, F. / Teng, ...著者: Li, L. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, M. / Feng, L. / Luo, X. / Gao, Z. / Huang, Y. / Ardayfio, O. / Zhang, J.H. / Lin, Y. / Fan, H. / Mi, Y. / Li, G. / Liu, L. / Feng, L. / Luo, F. / Teng, L. / Qi, W. / Ottl, J. / Lingel, A. / Bussiere, D.E. / Yu, Z. / Atadja, P. / Lu, C. / Li, E. / Gu, J. / Zhao, K.
履歴
登録2016年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0974
ポリマ－43,4341
非ポリマー6623
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.670, 45.970, 51.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

PR

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 43434.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 76-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 化合物 ChemComp-LQA / 4-azanylidene-2-(3-methoxy-4-propan-2-yloxy-phenyl)-6,7-dihydro-[1,3]benzodioxolo[6,5-a]quinolizine-3-carbonitrile


分子量: 429.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N3O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3.3 M Na formate, 0.01 M Yttrium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.363 Å / Num. all: 29130 / Num. obs: 29130 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 29.75 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 4.34 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 148488
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-25.80.3622.12426841980.1630.3980.3626100
2-2.125.50.2333.32171639630.1090.2580.233999.9
2.12-2.275.30.1774.31969737390.0850.1970.17711.499.9
2.27-2.455.10.1395.31798935070.0680.1550.13914100
2.45-2.694.90.09871583832100.0490.110.0981899.9
2.69-350.0768.21459029440.0370.0850.07621.899.9
3-3.474.90.0658.61282326150.0320.0730.06524.9100
3.47-4.254.60.0619.51020122290.0310.0690.06125.299.9
4.25-6.014.20.0637.6729317200.0360.0730.06324.598.3
6.01-28.3634.10.0628.1407310050.0370.0730.06224.796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXV

2qxv


解像度: 1.9→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9412 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9252 / SU R Cruickshank DPI: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 1478 5.08 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1976 29081 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 109.05 Å2 / Biso mean: 36.91 Å2 / Biso min: 12.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8878 Å20 Å20 Å2
2--0.0011 Å20 Å2
3---1.8866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 39 96 3065
Biso mean--46.66 41.46 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1054SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes437HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3043HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion382SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3471SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3043HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4117HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.56
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 140 4.99 %
Rwork0.2166 2667 -
all0.2183 2807 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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