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万見
- PDB-5h12: Crystal structure of Deep Vent DNA Polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h12
タイトルCrystal structure of Deep Vent DNA Polymerase
要素Deep Vent DNA Polymerase
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / intron homing / endonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG ...: / DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / HEAT, type 2 / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Hikida, Y. / Kimoto, M. / Hirao, I. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Deep Vent DNA polymerase.
著者: Hikida, Y. / Kimoto, M. / Hirao, I. / Yokoyama, S.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deep Vent DNA Polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7161
ポリマ－90,7161
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.005, 112.026, 111.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Deep Vent DNA Polymerase


分子量: 90715.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51334*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 0.1 M lithium sulfate monohydrate, 12 % (w/v) polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 33815 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2299精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→45.297 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 2008 5.95 %
Rwork0.214 --
obs0.2175 33738 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→45.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6224 0 0 122 6346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5578582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1593894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5023-2.56490.35281310.26862112X-RAY DIFFRACTION93
2.5649-2.63420.34541340.25992183X-RAY DIFFRACTION98
2.6342-2.71180.32931420.23822224X-RAY DIFFRACTION99
2.7118-2.79930.29421440.23542275X-RAY DIFFRACTION100
2.7993-2.89930.28971410.22982240X-RAY DIFFRACTION100
2.8993-3.01540.29691450.23582274X-RAY DIFFRACTION100
3.0154-3.15260.33281440.23232264X-RAY DIFFRACTION100
3.1526-3.31870.321460.23462255X-RAY DIFFRACTION100
3.3187-3.52660.2831400.22642280X-RAY DIFFRACTION100
3.5266-3.79870.27151440.21852276X-RAY DIFFRACTION100
3.7987-4.18080.26881430.20132288X-RAY DIFFRACTION100
4.1808-4.78520.22811480.18162307X-RAY DIFFRACTION100
4.7852-6.02660.2641490.20662330X-RAY DIFFRACTION100
6.0266-45.30450.2131570.18732422X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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