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万見
- PDB-5h10: TRAF1-TANk complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h10
タイトルTRAF1-TANk complex
要素
  • TNF receptor-associated factor 1
  • TRAF family member-associated NF-kappaB activator
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / TRAF / TANK / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein deubiquitination / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / deubiquitinase activator activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated IRF7 activation / molecular function inhibitor activity ...regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein deubiquitination / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / deubiquitinase activator activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated IRF7 activation / molecular function inhibitor activity / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / Regulation of TNFR1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to tumor necrosis factor / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / defense response to virus / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / DNA damage response / signal transduction / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 1, MATH domain / TRAF family member-associated NF-kappa-B activator / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : ...TNF receptor-associated factor 1, MATH domain / TRAF family member-associated NF-kappa-B activator / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 1 / TRAF family member-associated NF-kappa-B activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Peptide display vector fth1 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.205 Å
データ登録者Kim, C.M. / Park, H.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRAF1-TANk complex
著者: Kim, C.M. / Park, H.H.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 1
B: TNF receptor-associated factor 1
C: TNF receptor-associated factor 1
D: TRAF family member-associated NF-kappaB activator
E: TRAF family member-associated NF-kappaB activator
F: TRAF family member-associated NF-kappaB activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7376
ポリマ－73,7376
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area30810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.210, 79.034, 113.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 1 / Epstein-Barr virus-induced protein 6


分子量: 23717.104 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF1, EBI6
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q13077
#2: タンパク質・ペプチド TRAF family member-associated NF-kappaB activator / TANK peptide


分子量: 861.960 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Peptide display vector fth1 (その他) / 参照: UniProt: Q92844*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.38M Ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.3, 200mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 11811 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 42.34
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rsym value: 0.182

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E1T

5e1t


解像度: 3.205→29.89 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 27.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1176 9.98 %
Rwork0.2183 --
obs0.2235 11785 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.205→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 0 0 4808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5176622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.232984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036739
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2055-3.35120.31721420.24841269X-RAY DIFFRACTION96
3.3512-3.52760.29371440.24691294X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.74820.26571390.22421310X-RAY DIFFRACTION99
3.7482-4.0370.27291500.22811299X-RAY DIFFRACTION100
4.037-4.44210.2321410.1941339X-RAY DIFFRACTION100
4.4421-5.08210.23471470.19661329X-RAY DIFFRACTION100
5.0821-6.39260.25761540.23531347X-RAY DIFFRACTION100
6.3926-29.89160.30391590.21611422X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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