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万見
- PDB-5e1t: Crystal structure of TRAF1 TRAF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1t
タイトルCrystal structure of TRAF1 TRAF domain
要素TNF receptor-associated factor 1
キーワードPROTEIN BINDING / Protein interaction domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-containing complex assembly ...regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-containing complex assembly / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 1, MATH domain / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. ...TNF receptor-associated factor 1, MATH domain / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Park, H.H. / Kim, C.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of TRAF1 TRAF domain and its implications in the TRAF1-mediated intracellular signaling pathway
著者: Kim, C.M. / Choi, J.Y. / Bhat, E.A. / Jeong, J.H. / Son, Y.J. / Kim, S. / Park, H.H.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 1
B: TNF receptor-associated factor 1
C: TNF receptor-associated factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9383
ポリマ－67,9383
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area29090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.352, 79.404, 108.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 1 / TRAF protein / Epstein-Barr virus-induced protein 6


分子量: 22645.951 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 220-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF1, EBI6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13077
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO4, NaCl / PH範囲: 9.0-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15860 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 58.57 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 729 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.8→29.523 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1298 8.22 %
Rwork0.2107 --
obs0.2149 15792 94.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4599 0 0 13 4612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4426335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0182853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8003-2.91230.29171290.27061534X-RAY DIFFRACTION92
2.9123-3.04470.29871350.24661541X-RAY DIFFRACTION92
3.0447-3.2050.27511370.23491583X-RAY DIFFRACTION95
3.205-3.40560.27561430.23161597X-RAY DIFFRACTION96
3.4056-3.66810.33461460.2091624X-RAY DIFFRACTION97
3.6681-4.03640.25541510.21311646X-RAY DIFFRACTION97
4.0364-4.61850.23891450.17781633X-RAY DIFFRACTION96
4.6185-5.81160.23651550.18791667X-RAY DIFFRACTION97
5.8116-29.52440.2491570.21771669X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.9021 Å / Origin y: -17.6562 Å / Origin z: -27.6917 Å
111213212223313233
T0.3184 Å2-0.0037 Å20.0366 Å2-0.3239 Å20.0251 Å2--0.3068 Å2
L0.6515 °2-0.2526 °20.0416 °2-0.5667 °2-0.1998 °2--0.4244 °2
S0.0073 Å °0.0024 Å °0.0516 Å °0.0679 Å °0.0598 Å °0.0387 Å °0.0032 Å °-0.1397 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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