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万見
- PDB-5h0i: Structure of OaAEP1 asparaginyl peptide ligase in its proenzyme form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h0i
タイトルStructure of OaAEP1 asparaginyl peptide ligase in its proenzyme form
要素Asparaginyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


legumain / vacuolar protein processing / vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Asparaginyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Oldenlandia affinis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Yang, R. / Wong, Y.H. / Lescar, J. / Wu, B.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Nanyang Technological UniversityNAP SUG シンガポール
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Engineering a Catalytically Efficient Recombinant Protein Ligase
著者: Yang, R. / Wong, Y.H. / Nguyen, G.K.T. / Tam, J.P. / Lescar, J. / Wu, B.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparaginyl endopeptidase
B: Asparaginyl endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7882
ポリマ－98,7882
非ポリマー00
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area31140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)145.730, 70.210, 118.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Asparaginyl endopeptidase


分子量: 49393.871 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oldenlandia affinis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JZ32, legumain
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 200mM NH4NO3, pH ~ 4.5, 13-15%(w/v) PEG 3,350 with 10%(v/v) glycerol or ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→71.72 Å / Num. obs: 34420 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 63.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NOK

4nok


解像度: 2.56→71.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.427 / SU Rfree Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.249
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 530 1.54 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 34408 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0652 Å20 Å2-1.0402 Å2
2--11.9628 Å20 Å2
3----7.8976 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→71.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 0 305 6507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.198624HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2139SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes930HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6355HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion810SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7578SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 -1.54 %
Rwork0.211 2934 -
all0.211 2980 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8177-0.71490.24582.9105-0.37510.7992-0.14870.0151-0.28610.34680.1524-0.2406-0.02050.1543-0.0037-0.09690.0546-0.0517-0.23830.0131-0.076312.7605-19.244627.604
22.4529-0.3952-0.3721.90890.08620.7730.04870.21080.3655-0.07630.07960.1136-0.1757-0.1527-0.1282-0.06550.05040.0278-0.19020.0645-0.0593-15.105213.636526.19
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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