PDB-5h0i: Structure of OaAEP1 asparaginyl peptide ligase in its proenzyme form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h0i

タイトル

Structure of OaAEP1 asparaginyl peptide ligase in its proenzyme form

要素

Asparaginyl endopeptidase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

legumain / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Yang, R. / Wong, Y.H. / Lescar, J. / Wu, B.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Engineering a Catalytically Efficient Recombinant Protein Ligase
著者: Yang, R. / Wong, Y.H. / Nguyen, G.K.T. / Tam, J.P. / Lescar, J. / Wu, B.

履歴

登録	2016年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2022年11月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h0i.cif.gz	331 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h0i.ent.gz	268.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h0i_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h0i_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	5h0i_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	5h0i_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nokS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5izr-1 1gaw-d 6bj9-d 5t31-d 3hyv-5 3hyx-5 2e5v-d 3hyx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Asparaginyl endopeptidase

B: Asparaginyl endopeptidase

98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.730, 70.210, 118.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Asparaginyl endopeptidase 分子量: 49393.871 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oldenlandia affinis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JZ32, legumain
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 200mM NH4NO3, pH ~ 4.5, 13-15%(w/v) PEG 3,350 with 10%(v/v) glycerol or ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→71.72 Å / Num. obs: 34420 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 63.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NOK

4nok

解像度: 2.56→71.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / R_factor R_free error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.427 / SU R_free Blow DPI: 0.247 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.249

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	530	1.54 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	34408	99.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.0652 Å²	0 Å²	-1.0402 Å²
2-	-	11.9628 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.8976 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.56→71.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6202	0	0	305	6507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6355	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.19	8624	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2139	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		163	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		930	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6355	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.96
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.86
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		810	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7578	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.56→2.64 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	-	1.54 %
R_work	0.211	2934	-
all	0.211	2980	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8177	-0.7149	0.2458	2.9105	-0.3751	0.7992	-0.1487	0.0151	-0.2861	0.3468	0.1524	-0.2406	-0.0205	0.1543	-0.0037	-0.0969	0.0546	-0.0517	-0.2383	0.0131	-0.0763	12.7605	-19.2446	27.604
2	2.4529	-0.3952	-0.372	1.9089	0.0862	0.773	0.0487	0.2108	0.3655	-0.0763	0.0796	0.1136	-0.1757	-0.1527	-0.1282	-0.0655	0.0504	0.0278	-0.1902	0.0645	-0.0593	-15.1052	13.6365	26.19

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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