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- PDB-5gzs: Structure of VC protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gzs
タイトルStructure of VC protein
要素GGDEF family protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / the periplasmic portion / CdgH / Vibrio cholerae / diguanylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / GGDEF family protein / GGDEF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Xu, M. / Wang, Y.Z. / Yang, X.A. / Xie, W. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural studies of the periplasmic portion of the diguanylate cyclase CdgH from Vibrio cholerae.
著者: Xu, M. / Wang, Y.Z. / Yang, X.A. / Jiang, T. / Xie, W.
履歴
登録2016年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3922
ポリマ－51,2171
非ポリマー1751
水1,33374
1
A: GGDEF family protein
ヘテロ分子

A: GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7854
ポリマ－102,4342
非ポリマー3502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area3320 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area38670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.706, 111.706, 138.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-648-

HOH

21A-672-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GGDEF family protein / CdgH


分子量: 51217.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ERS013200_00600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6Q6V3, UniProt: Q9KT38*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 10% w/v polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97848 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.601→40 Å / Num. obs: 16125 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 28.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.601→40 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 813 5.04 %
Rwork0.2194 --
obs0.2229 16115 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3496 0 0 74 3570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3534825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.651333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6008-2.76370.37361360.27872441X-RAY DIFFRACTION97
2.7637-2.9770.31861280.26282520X-RAY DIFFRACTION100
2.977-3.27650.34761330.25152533X-RAY DIFFRACTION100
3.2765-3.75030.31561460.22692548X-RAY DIFFRACTION100
3.7503-4.72380.25681310.18672578X-RAY DIFFRACTION99
4.7238-39.67290.23261390.19862682X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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