登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gz9 |
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タイトル | Crystal structure of catalytic domain of Protein O-mannosyl Kinase in complexes with AMP-PNP, Magnesium ions and glycopeptide |
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要素 | Protein O-mannose kinase |
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キーワード | TRANSFERASE / Sugar Kinase / Dystroglycanopathy / O-mannosylation |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
glycoprotein-mannosyl O6-kinase / O-linked glycosylation / carbohydrate kinase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / carbohydrate phosphorylation / protein O-linked glycosylation / neuromuscular process / sensory perception of pain / brain development / learning or memory ...glycoprotein-mannosyl O6-kinase / O-linked glycosylation / carbohydrate kinase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / carbohydrate phosphorylation / protein O-linked glycosylation / neuromuscular process / sensory perception of pain / brain development / learning or memory / protein kinase activity / protein phosphorylation / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding類似検索 - 分子機能 Protein O-mannose kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha類似検索 - ドメイン・相同性 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / alpha-D-mannopyranose / Protein O-mannose kinase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å |
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データ登録者 | Nagae, M. / Yamaguchi, Y. |
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資金援助 | 日本, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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MEXT | 15K18496 | 日本 | MEXT | 26110724 | 日本 |
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引用 | ジャーナル: Genes Cells / 年: 2017 タイトル: 3D structural analysis of protein O-mannosyl kinase, POMK, a causative gene product of dystroglycanopathy. 著者: Nagae, M. / Mishra, S.K. / Neyazaki, M. / Oi, R. / Ikeda, A. / Matsugaki, N. / Akashi, S. / Manya, H. / Mizuno, M. / Yagi, H. / Kato, K. / Senda, T. / Endo, T. / Nogi, T. / Yamaguchi, Y. |
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履歴 | 登録 | 2016年9月27日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2017年3月29日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2017年12月6日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site |
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改定 1.2 | 2020年7月29日 | Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 1.3 | 2023年11月8日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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