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万見
- PDB-5gug: Crystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor large ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gug
タイトルCrystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor large cytosolic domain with inositol 1,4,5-trisphosphate
要素Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
キーワードMETAL TRANSPORT / receptor channel calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport ...cGMP effects / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / calcium import into the mitochondrion / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / voluntary musculoskeletal movement / Ion homeostasis / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear inner membrane / transport vesicle membrane / ligand-gated ion channel signaling pathway / intracellularly gated calcium channel activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / single fertilization / calcium channel inhibitor activity / GABA-ergic synapse / cellular response to cAMP / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cytosolic calcium ion concentration / post-embryonic development / phosphatidylinositol binding / secretory granule membrane / sarcoplasmic reticulum / synaptic membrane / liver regeneration / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of neuron projection development / calcium ion transport / nuclear envelope / presynapse / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein phosphatase binding / protein homotetramerization / postsynapse / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 7.399 Å
データ登録者Hamada, K. / Miyatake, H. / Terauchi, A. / Mikoshiba, K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: IP3-mediated gating mechanism of the IP3 receptor revealed by mutagenesis and X-ray crystallography
著者: Hamada, K. / Miyatake, H. / Terauchi, A. / Mikoshiba, K.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)505,5954
ポリマ－504,7552
非ポリマー8402
水00
1
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,7972
ポリマ－252,3771
非ポリマー4201
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area99840 Å2
手法PISA
2
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,7972
ポリマ－252,3771
非ポリマー4201
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area101620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.988, 223.488, 319.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 / IP3 receptor isoform 1 / InsP3R1 / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate-binding protein P400 / Protein ...IP3 receptor isoform 1 / InsP3R1 / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate-binding protein P400 / Protein PCD-6 / Purkinje cell protein 1 / Type 1 inositol 1 / 5-trisphosphate receptor / Type 1 InsP3 receptor


分子量: 252377.312 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-2217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itpr1, Insp3r, Pcd6, Pcp1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11881
#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H15O15P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.399→49.49 Å / Num. obs: 10397 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.294 / Net I/σ(I): 6.94
反射 シェル解像度: 7.399→7.663 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5721 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / CC1/2: 0.258 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSVERSION May 1, 2016データ削減
XDSVERSION May 1, 2016データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化解像度: 7.399→49.489 Å / SU ML: 2.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 52.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4159 526 5.06 %
Rwork0.3563 --
obs0.3594 10397 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.399→49.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17259 0 48 0 17307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01517277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69324027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.89610171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
7.3988-8.14040.4091340.37792414X-RAY DIFFRACTION100
8.1404-9.31150.39661280.35852433X-RAY DIFFRACTION100
9.3115-11.70580.35851290.31412469X-RAY DIFFRACTION100
11.7058-49.49010.47261350.37582555X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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