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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gti | |||||||||
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タイトル | Native XFEL structure of photosystem II (two flash dataset) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / photosystem II (光化学系II) / PSII (光化学系II) / membrane protein (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Suga, M. / Shen, J.R. | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL. 著者: Suga, M. / Akita, F. / Sugahara, M. / Kubo, M. / Nakajima, Y. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Umena, Y. / Nakabayashi, M. / Yamane, T. / Nakano, T. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Inoue, S. / ...著者: Suga, M. / Akita, F. / Sugahara, M. / Kubo, M. / Nakajima, Y. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Umena, Y. / Nakabayashi, M. / Yamane, T. / Nakano, T. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Inoue, S. / Kimura, T. / Nomura, T. / Yonekura, S. / Yu, L.J. / Sakamoto, T. / Motomura, T. / Chen, J.H. / Kato, Y. / Noguchi, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Nango, E. / Tanaka, R. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Yamashita, A. / Yamamoto, M. / Nureki, O. / Yabashi, M. / Ishikawa, T. / Iwata, S. / Shen, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gti.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gti.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gti.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gti | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR STATES THE EACH BIOLOGICAL UNIT INCLUDES 20 CHAINS BUT THE SUBUNIT IN CHAIN r WAS LOST DURING PURIFICATION OR BECAUSE OF CRYSTAL PACKING. |
-要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYy...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P51765*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR7*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR8, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19054*PLUS #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12312*PLUS #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR4 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR3 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR5 #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0DM37 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 39分子
#35: 糖 | ChemComp-LMT / #36: 糖 | ChemComp-HTG / #37: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 18種, 2090分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #27: 化合物 | ChemComp-GOL / #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | ChemComp-LHG / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CA / #34: 化合物 | ChemComp-LMG / #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 290634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 824 % / Net I/σ(I): 10.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→19.98 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.6727 Å / Origin y: 14.2502 Å / Origin z: -25.4462 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |