PDB-5gt7: Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gt7

タイトル

Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1

要素

GATS-like protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / arginine binding / mTOR / GATSL2 / CASTOR1 / GATOR2 / ACT domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to L-arginine / molecular sensor activity / Amino acids regulate mTORC1 / arginine binding / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.048 Å

データ登録者

Guo, L. / Deng, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of arginine sensor CASTOR1 in arginine-bound and ligand free states
著者: Zhou, Y. / Wang, C. / Xiao, Q. / Guo, L.

履歴

登録	2016年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gt7.cif.gz	466.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gt7.ent.gz	389.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gt7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gt8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gs9-2 5i2c-2 5gs9-1 1kez-1 1o4z-1 1sq4-d 1zdt-3 3qa2-d 2ier-d 1vbr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.833, 83.146, 97.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 2 or (resid 4 and (name...
2	1	(chain B and (resseq 2 or (resid 4 and (name...
3	1	(chain C and (resseq 2 or (resid 4 and (name...
4	1	(chain D and (resseq 2 or (resid 4 and (name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	(chain A and (resseq 2 or (resid 4 and (name...	A
2	1	1	(chain B and (resseq 2 or (resid 4 and (name...	B
3	1	1	(chain C and (resseq 2 or (resid 4 and (name...	C
4	1	1	(chain D and (resseq 2 or (resid 4 and (name...	D

#1: タンパク質	GATS-like protein 3 / Cellular arginine sensor for mTORC1 protein 1 / CASTOR1 分子量: 36850.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATSL3, CASTOR1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WTX7
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 5 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Na Malonate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1.0011 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.048→50 Å / Num. obs: 82993 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/av σ(I): 18.612 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.12	5.9	0.884	0.69	1	98.8
2.12-2.21	6	0.633	0.819	1	99
2.21-2.31	6	0.463	0.894	1	99.1
2.31-2.43	6.1	0.344	0.938	1	99.5
2.43-2.58	6.2	0.26	0.966	1	99.5
2.58-2.78	6.3	0.178	0.984	1	99.5
2.78-3.06	6.3	0.118	0.992	1	99.8
3.06-3.51	6.3	0.083	0.995	1	99.9
3.51-4.42	6	0.066	0.996	1	100
4.42-50	6.1	0.05	0.995	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.048→33.029 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	4521	5.45 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.1862	82969	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.09 Å² / B_iso mean: 46.6482 Å² / B_iso min: 17.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.048→33.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9492	0	54	505	10051
B_iso mean	-	-	61.27	42.68	-
残基数	-	-	-	-	1223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.674	13448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.472	5923

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4993	X-RAY DIFFRACTION	7.676	TORSIONAL
1	2	B	4993	X-RAY DIFFRACTION	7.676	TORSIONAL
1	3	C	4993	X-RAY DIFFRACTION	7.676	TORSIONAL
1	4	D	4993	X-RAY DIFFRACTION	7.676	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0482-2.0715	0.326	151	0.2714	2514	2665	95
2.0715-2.0959	0.2891	135	0.2603	2599	2734	99
2.0959-2.1214	0.318	139	0.2605	2581	2720	99
2.1214-2.1483	0.2745	157	0.243	2563	2720	99
2.1483-2.1765	0.2926	156	0.2363	2591	2747	99
2.1765-2.2064	0.2452	154	0.2375	2604	2758	99
2.2064-2.2379	0.2561	136	0.2263	2599	2735	99
2.2379-2.2713	0.2601	162	0.2182	2601	2763	99
2.2713-2.3067	0.2497	119	0.2066	2618	2737	99
2.3067-2.3446	0.25	108	0.2072	2624	2732	100
2.3446-2.385	0.2617	132	0.2071	2661	2793	99
2.385-2.4283	0.264	147	0.2117	2579	2726	100
2.4283-2.475	0.2449	141	0.2088	2599	2740	99
2.475-2.5255	0.2933	148	0.2149	2640	2788	99
2.5255-2.5804	0.2528	152	0.2056	2607	2759	100
2.5804-2.6404	0.2392	143	0.1962	2629	2772	99
2.6404-2.7064	0.2271	158	0.1988	2608	2766	100
2.7064-2.7796	0.233	134	0.2002	2647	2781	100
2.7796-2.8613	0.2329	153	0.1972	2609	2762	100
2.8613-2.9536	0.2311	168	0.1878	2601	2769	100
2.9536-3.0591	0.195	196	0.1862	2582	2778	100
3.0591-3.1815	0.2276	197	0.1836	2595	2792	100
3.1815-3.3261	0.2423	155	0.1809	2614	2769	100
3.3261-3.5013	0.1789	165	0.1725	2618	2783	100
3.5013-3.7204	0.2089	169	0.1789	2631	2800	100
3.7204-4.0072	0.214	136	0.171	2656	2792	100
4.0072-4.4096	0.1638	132	0.1526	2664	2796	100
4.4096-5.0458	0.1393	163	0.1356	2639	2802	100
5.0458-6.3497	0.1997	148	0.1788	2666	2814	100
6.3497-33.0335	0.1836	167	0.1803	2709	2876	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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