PDB-5gt5: Structural basis of the specific activity and thermostability of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gt5

タイトル

Structural basis of the specific activity and thermostability of pectate lyase (pelN) from Paenibacillus sp. 0602

要素

Pectate lyase

キーワード

LYASE / pectate lyase / Paenibacillus sp. 0602

機能・相同性

機能・相同性情報

pectate lyase / pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus sp. 0602 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.449 Å

データ登録者

Zhou, Z.P. / Liu, Y. / Song, J.N.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Structure-based engineering of a pectate lyase with improved specific activity for ramie degumming.
著者: Zhou, Z. / Liu, Y. / Chang, Z. / Wang, H. / Leier, A. / Marquez-Lago, T.T. / Ma, Y. / Li, J. / Song, J.

履歴

登録	2016年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gt5.cif.gz	214 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gt5.ent.gz	166.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gt5_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gt5_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	5gt5_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	5gt5_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zscS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kf2-d 6oom-2 6oop-2 5l92-d 5l94-d 6dfn-d 6h1o-d 6ooq-2 2y7k-d 4l77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pectate lyase

B: Pectate lyase

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.552, 55.584, 83.182
Angle α, β, γ (deg.)	74.26, 84.40, 73.51
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pectate lyase 分子量: 48273.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus sp. 0602 (バクテリア) 遺伝子: pelN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8CR80, pectate lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3000, 100mM Na2HPO4 / PH範囲: 4.0-4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 629583 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 14.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZSC

3zsc

解像度: 1.449→34.431 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.173	7021	4.89 %
R_work	0.1495	-	-
obs	0.1507	143651	91.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.449→34.431 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6766	0	0	1467	8233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.374	9410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.167	2472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4493-1.4658	0.2552	224	0.2119	3842	X-RAY DIFFRACTION	78
1.4658-1.483	0.2315	211	0.1972	4161	X-RAY DIFFRACTION	83
1.483-1.5011	0.2325	219	0.1939	4170	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5011-1.5201	0.2125	228	0.1805	4186	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5201-1.5401	0.2225	219	0.1699	4349	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5401-1.5612	0.2081	230	0.1607	4342	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5612-1.5835	0.1846	233	0.1639	4402	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5835-1.6072	0.1978	210	0.1603	4429	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6072-1.6323	0.2108	234	0.1622	4507	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6323-1.659	0.1937	207	0.153	4367	X-RAY DIFFRACTION	88
1.659-1.6876	0.1888	219	0.1558	4500	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6876-1.7183	0.1953	241	0.1547	4526	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7183-1.7514	0.1948	214	0.1562	4521	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7514-1.7871	0.1883	240	0.1564	4581	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7871-1.826	0.1766	250	0.1508	4514	X-RAY DIFFRACTION	92
1.826-1.8685	0.1689	233	0.1465	4649	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8685-1.9152	0.1645	243	0.1411	4686	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9152-1.967	0.154	231	0.1419	4662	X-RAY DIFFRACTION	94
1.967-2.0248	0.1709	245	0.1447	4672	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0248-2.0902	0.1755	219	0.1472	4764	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0902-2.1649	0.191	225	0.1431	4755	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1649-2.2515	0.1539	262	0.1413	4786	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2515-2.354	0.1623	237	0.1446	4760	X-RAY DIFFRACTION	96
2.354-2.4781	0.1933	230	0.1551	4794	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4781-2.6333	0.1869	266	0.1547	4773	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6333-2.8365	0.1724	227	0.1583	4755	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8365-3.1218	0.1789	233	0.1523	4798	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1218-3.5731	0.1495	274	0.1431	4594	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5731-4.5001	0.1375	268	0.1243	4923	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5001-34.4405	0.1532	249	0.1477	4862	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)