PDB-5gso: Crystal Structures of EV71 3C Protease in complex with NK-1.8k

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gso

タイトル

Crystal Structures of EV71 3C Protease in complex with NK-1.8k

要素

3C protein

キーワード

HYDROLASE / EV71 3C Protease NK-1.8k

機能・相同性

機能・相同性情報

T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / virion attachment to host cell / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterovirus A71 (エンテロウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Enterovirus 71 3C Protease in Complex with NK-1.8k and Indications for the Development of Antienterovirus Protease Inhibitor
著者: Wang, Y. / Cao, L. / Zhai, Y. / Yin, Z. / Sun, Y. / Shang, L.

履歴

登録	2016年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gso.cif.gz	364.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gso.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gso_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gso_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5gso_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	5gso_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gswC 3osyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gsw-1 6ku7-d 5dp4-2 5fx6-d 5dp4-1 5dp8-d 5dp6-3 7dnc-d 5dp6-2 5bpe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3C protein

B: 3C protein

C: 3C protein

D: 3C protein

E: 3C protein

ヘテロ分子

115 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3C protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 3C protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 3C protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: 3C protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.012, 70.691, 94.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3C protein 分子量: 22491.699 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: E7E815
#2: 化合物	ChemComp-5GI / ~{N}-[(2~{S})-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide 分子量: 444.456 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅FN₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH7.7, 200mM Sodium Citrate, 32% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 32158 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.6→7.05 Å / R_merge(I) obs: 0.509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OSY

3osy

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 26.192 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.745 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	1720	5.1 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.215	32158	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6984	0	160	55	7199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	7118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.852	1.955	9638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.758	5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.41	23.71	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.171	15	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.121	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	109	-
R_work	0.292	2056	-
obs	-	-	86.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7036	0.1442	-0.3336	0.8405	0.0608	1.3222	0.0116	0.0595	0.1251	-0.0615	-0.0154	0.0771	-0.0235	-0.1034	0.0038	0.1118	0.0035	-0.054	0.0099	0.0116	0.157	-31.6711	4.3484	103.0185
2	2.0185	-0.2468	-0.277	1.076	0.7235	2.2668	0.0734	0.1229	0.0479	-0.1047	0.1386	-0.056	-0.1797	0.0861	-0.212	0.0649	-0.0139	0.0497	0.0738	0.0052	0.109	-69.3944	2.331	95.2946
3	1.0465	-0.0344	0.1992	1.3911	-0.2454	1.5057	0.0961	0.0678	0.0436	-0.1772	-0.0669	0.0376	0.1505	0.1368	-0.0292	0.1141	0.0279	0.0152	0.0235	0.0296	0.138	-24.0865	-27.6299	115.9308
4	4.0298	0.3482	-1.0873	2.0096	0.1041	0.9872	-0.2178	0.6736	-0.0203	-0.0479	0.0981	0.1445	0.034	-0.2809	0.1197	0.0375	-0.0783	0.0094	0.2179	-0.0474	0.0395	-58.8076	-30.6221	120.8407
5	1.1629	0.0866	-0.1476	1.5987	-0.3053	1.1233	-0.11	-0.1148	0.0258	0.1835	0.0024	0.0016	0.1545	-0.1285	0.1077	0.1411	-0.0131	0.0035	0.1014	-0.066	0.0479	-83.5017	-30.6692	88.1016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 314
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 308
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301 - 305
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	201
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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