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- PDB-5grb: Crystal structure of 2C helicase from enterovirus 71 (EV71) bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grb
タイトルCrystal structure of 2C helicase from enterovirus 71 (EV71) bound with ATPgammaS
要素EV71 2C ATPase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Enterovirus 2C ATPase / virus replication / Zinc finger / AAA+ ATPase / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Guan, H.X. / Tian, J. / Qin, B. / Wojdyla, J. / Wang, M.T. / Cui, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81572005 中国
引用ジャーナル: SCI ADV / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of 2C helicase from enterovirus 71
著者: Guan, H.X. / Tian, J. / Qin, B. / Wojdyla, J. / Wang, B. / Zhao, Z.D. / Wang, M.T. / Cui, S.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_keywords
Item: _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EV71 2C ATPase
B: EV71 2C ATPase
C: EV71 2C ATPase
D: EV71 2C ATPase
E: EV71 2C ATPase
F: EV71 2C ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,78318
ポリマ－141,2516
非ポリマー3,53212
水21612
1
A: EV71 2C ATPase
C: EV71 2C ATPase
E: EV71 2C ATPase
F: EV71 2C ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,52212
ポリマ－94,1674
非ポリマー2,3558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EV71 2C ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1303
ポリマ－23,5421
非ポリマー5892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: EV71 2C ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1303
ポリマ－23,5421
非ポリマー5892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.668, 54.912, 163.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
EV71 2C ATPase


分子量: 23541.812 Da / 分子数: 6 / 変異: E207A, K209A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: EV71 2C variant lacks N-terminal 1-115aa and contains mutation E207A, K209A.
由来: (組換発現) Enterovirus (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9VUU3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS ACM62759.1 FOR THIS SEQUENCE. THERE ARE ...AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS ACM62759.1 FOR THIS SEQUENCE. THERE ARE ENGINEERED MUTATIONS IN THE PROTEIN SEQUENCE INCLUDING E207A ANS K209A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG6000, 5% MPD and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.548 Å / Num. obs: 59800 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.26 % / Biso Wilson estimate: 76.169 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / CC1/2: 0.583 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GQ1

5gq1


解像度: 2.803→45.548 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 3039 5.09 %Random
Rwork0.245 ---
obs0.2475 59720 95.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→45.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9551 0 192 12 9755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39513414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3688210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8029-2.84660.4041890.42791663X-RAY DIFFRACTION63
2.8466-2.89330.41681470.3662722X-RAY DIFFRACTION98
2.8933-2.94320.39371240.35432670X-RAY DIFFRACTION98
2.9432-2.99670.33691870.33522521X-RAY DIFFRACTION98
2.9967-3.05430.38941890.33772645X-RAY DIFFRACTION95
3.0543-3.11670.38951430.32932614X-RAY DIFFRACTION99
3.1167-3.18440.3591660.30782698X-RAY DIFFRACTION99
3.1844-3.25850.42041460.30482596X-RAY DIFFRACTION98
3.2585-3.33990.39921310.31182677X-RAY DIFFRACTION98
3.3399-3.43020.3251260.32692674X-RAY DIFFRACTION98
3.4302-3.53110.39741290.31182557X-RAY DIFFRACTION94
3.5311-3.6450.54241090.29042648X-RAY DIFFRACTION97
3.645-3.77520.281300.27332462X-RAY DIFFRACTION92
3.7752-3.92630.34081500.26772624X-RAY DIFFRACTION95
3.9263-4.10490.36111270.24692587X-RAY DIFFRACTION96
4.1049-4.32120.23481860.23362517X-RAY DIFFRACTION95
4.3212-4.59170.28951420.19892614X-RAY DIFFRACTION95
4.5917-4.94580.2639960.20082561X-RAY DIFFRACTION95
4.9458-5.44280.28821130.21962660X-RAY DIFFRACTION97
5.4428-6.22870.28681180.22992697X-RAY DIFFRACTION98
6.2287-7.8410.21881300.20142656X-RAY DIFFRACTION97
7.841-45.55420.19621610.17852618X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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