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- PDB-5gra: Crystal structure of TrmJ from Z. mobilis ZM4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gra
タイトルCrystal structure of TrmJ from Z. mobilis ZM4
要素tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / tRNA / TrmJ
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / tRNA processing / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase TrmJ/LasT / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Gu, D.-H. / Kim, J.-S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: An asymmetric dimeric structure of TrmJ tRNA methyltransferase from Zymomonas mobilis with a flexible C-terminal dimer
著者: Gu, D.-H. / Park, M.-Y. / Kim, J.-S.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
B: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9332
ポリマ－52,9332
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.232, 41.811, 72.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-326-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ / tRNA methyltransferase


分子量: 26466.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: trmJ, ZMO1203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5NN83, tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, MES, Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19496 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.005→40.656 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 535 5.02 %
Rwork0.2322 --
obs0.2341 10647 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→40.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 0 138 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8164749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4552141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007624
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0054-3.30770.3241290.27832429X-RAY DIFFRACTION97
3.3077-3.7860.30011330.24292525X-RAY DIFFRACTION100
3.786-4.76880.2251340.20592532X-RAY DIFFRACTION100
4.7688-40.65970.26351390.22792626X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.5687 Å / Origin y: -22.5466 Å / Origin z: 52.58 Å
111213212223313233
T0.2701 Å2-0.0084 Å2-0.0343 Å2-0.2494 Å2-0.0079 Å2--0.321 Å2
L2.9004 °2-0.2722 °2-0.6363 °2-0.6825 °20.1721 °2--0.9543 °2
S-0.0052 Å °-0.1961 Å °0.0548 Å °0.1256 Å °0.0205 Å °0.0166 Å °-0.0054 Å °-0.1064 Å °-0.0058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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