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- PDB-5gqe: Crystal structure of michaelis complex of xylanase mutant (T82A, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gqe
タイトルCrystal structure of michaelis complex of xylanase mutant (T82A, N127S, and E128H) from Streptomyces olivaceoviridis E-86
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / XYLOPENTAOSE / ES COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / 4beta-beta-xylotriose / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kaneko, S. / Kuno, A.
引用
ジャーナル: J.Appl.Glyosci. / 年: 2019
タイトル: Azidolysis by the Formation of Stable Ser-His Catalytic Dyad in a Glycoside Hydrolase Family 10 Xylanase Mutant
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kaneko, S. / Hasegawa, T. / Kuno, A.
#1: ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2009
タイトル: Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86.
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Ito, S. / Kawahara, S. / Kaneko, S. / Taira, K. / Hasegawa, T. / Kuno, A.
履歴
登録2016年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3698
ポリマ－93,4862
非ポリマー2,8836
水13,097727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area28680 Å2
2
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2514
ポリマ－46,7431
非ポリマー1,5073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
3
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1184
ポリマ－46,7431
非ポリマー1,3753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.130, 94.007, 137.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 729分子 AB

#1: タンパク質 Beta-xylanase


分子量: 46743.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SI98, endo-1,4-beta-xylanase
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose- ...beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 2% McIlvaine buffer 25% Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 33186 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 5.82 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D1Z

2d1z


解像度: 2.5→39.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3308859.82 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1648 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 33153 96.2 %-
溶媒の処理Bsol: 63.9476 Å2 / ksol: 0.40985 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3---0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 263 4.8 %
Rwork0.214 5193 -
obs--97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/water_rep.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3carbosup.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4carbo_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION5cis_pepT82AX5.paramCNS_TOPPAR/ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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