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万見
- PDB-5gpj: Crystal Structure of Proton-Pumping Pyrophosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpj
タイトルCrystal Structure of Proton-Pumping Pyrophosphatase
要素Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
キーワードHYDROLASE / Vigna radiata / Proton-Pumping / Phosphate-bound
機能・相同性H+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / vacuolar membrane / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
機能・相同性情報
生物種Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li, K.M. / Tsai, J.Y. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technolgy101-2311-B-007-009-MY3 and 103-2627-M-007-008 台湾
Academia SinicaAS-103-TP-B11 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Membrane pyrophosphatases from Thermotoga maritima and Vigna radiata suggest a conserved coupling mechanism
著者: Li, K.M. / Wilkinson, C. / Kellosalo, J. / Tsai, J.Y. / Kajander, T. / Jeuken, L.J. / Sun, Y.J. / Goldman, A.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
B: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
C: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
D: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,95816
ポリマ－324,3844
非ポリマー57412
水00
1
A: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
B: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4798
ポリマ－162,1922
非ポリマー2876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
2
C: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
D: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4798
ポリマ－162,1922
非ポリマー2876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area43810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.703, 81.637, 264.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump / Pyrophosphate-energized inorganic pyrophosphatase / H(+)-PPase / Vacuolar H(+)-pyrophosphatase


分子量: 81095.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphate-bound
由来: (組換発現) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
プラスミド: PYVH6 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: P21616, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100mM sodium/potassium phosphate (pH 6.2), 200mM NaCl, and 37%(w/v) PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 54540 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.175 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A01

4a01


解像度: 3.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 45.007 / SU ML: 0.636 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.693
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30378 3027 5.3 %RANDOM
Rwork0.2256 ---
obs0.22979 54540 91.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 119.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.45 Å2-0 Å23.38 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----10.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21385 0 28 0 21413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01921818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0221465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.96929643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.055349283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.97652899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.43523.909683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.433153465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.271552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.23598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0224455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.00211.66111641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.00111.66111640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.73317.48214525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.73317.48214526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.49812.20710177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.49112.20510174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.30718.09315113
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.15594.55626079
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.15494.55526079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 203 -
Rwork0.4 3198 -
obs--72.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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