PDB-5gpe: Crystal structure of the transcription regulator PbrR691 from Ral...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gpe

タイトル

Crystal structure of the transcription regulator PbrR691 from Ralstonia metallidurans CH34 in complex with Lead(II)

要素

Transcriptional regulator, MerR-family

キーワード

TRANSCRIPTION / PbrR691 / MerR family / Transcription activator

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus metallidurans CH34 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Huang, S.Q. / Chen, W.Z. / Wang, D. / Hu, Q.Y. / Liu, X.C. / Gan, J.H. / Chen, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Selective Pb(II) Recognition of Metalloregulatory Protein PbrR691
著者: Huang, S.Q. / Liu, X.C. / Wang, D. / Chen, W.Z. / Hu, Q.Y. / Wei, T.B. / Zhou, W.Q. / Gan, J.H. / Chen, H.

履歴

登録	2016年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gpe.cif.gz	426.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gpe.ent.gz	352.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gpe_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gpe_full_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示
XML形式データ	5gpe_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	5gpe_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d07 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q06-d 1q07-d 5crl-d 1q05-d 3vuy-d 2iey-d 5d90-1 4zql-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, MerR-family

B: Transcriptional regulator, MerR-family

C: Transcriptional regulator, MerR-family

D: Transcriptional regulator, MerR-family

E: Transcriptional regulator, MerR-family

F: Transcriptional regulator, MerR-family

G: Transcriptional regulator, MerR-family

H: Transcriptional regulator, MerR-family

ヘテロ分子

121 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, MerR-family

B: Transcriptional regulator, MerR-family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator, MerR-family

D: Transcriptional regulator, MerR-family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Transcriptional regulator, MerR-family

F: Transcriptional regulator, MerR-family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Transcriptional regulator, MerR-family

H: Transcriptional regulator, MerR-family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.938, 67.903, 89.723
Angle α, β, γ (deg.)	109.33, 89.82, 90.32
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 129 / Label seq-ID: 1 - 129

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, MerR-family 分子量: 14958.383 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-129 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans CH34 (バクテリア) 株: CH34 / 遺伝子: pbrR2, Rmet_2302 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q1LKZ5
#2: 化合物	ChemComp-PB / LEAD (II) ION 分子量: 207.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Tacsimate, HEPES, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 88839 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D07

5d07
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.01→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 7.923 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21356	4470	5 %	RANDOM
R_work	0.17661	-	-	-
obs	0.17847	84363	94.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	-0.47 Å²	-0.31 Å²
2-	-	-2.29 Å²	0.48 Å²
3-	-	-	2.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.01→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8159	0	8	465	8632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	8318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	2.002	10995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.581	3	19005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.421	5	995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.762	21.986	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.213	15	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.879	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.093	1.903	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.094	1.902	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.716	2.831	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.715	2.832	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.889	2.444	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.881	2.444	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.494	3.49	5994
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.015	15.29	9468
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.846	15.006	9259
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.482	3	16546
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.899	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.731	5	16813

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13928	0.11
1	2	B	13928	0.11
2	1	A	14120	0.1
2	2	C	14120	0.1
3	1	A	14308	0.07
3	2	D	14308	0.07
4	1	A	14430	0.06
4	2	E	14430	0.06
5	1	A	13884	0.11
5	2	F	13884	0.11
6	1	A	14414	0.07
6	2	G	14414	0.07
7	1	A	13940	0.11
7	2	H	13940	0.11
8	1	B	14462	0.1
8	2	C	14462	0.1
9	1	B	14428	0.1
9	2	D	14428	0.1
10	1	B	13766	0.11
10	2	E	13766	0.11
11	1	B	14692	0.09
11	2	F	14692	0.09
12	1	B	14218	0.11
12	2	G	14218	0.11
13	1	B	14724	0.08
13	2	H	14724	0.08
14	1	C	14514	0.11
14	2	D	14514	0.11
15	1	C	14054	0.1
15	2	E	14054	0.1
16	1	C	14798	0.08
16	2	F	14798	0.08
17	1	C	14764	0.1
17	2	G	14764	0.1
18	1	C	14880	0.09
18	2	H	14880	0.09
19	1	D	14320	0.07
19	2	E	14320	0.07
20	1	D	14622	0.09
20	2	F	14622	0.09
21	1	D	15064	0.06
21	2	G	15064	0.06
22	1	D	14832	0.09
22	2	H	14832	0.09
23	1	E	13904	0.1
23	2	F	13904	0.1
24	1	E	14422	0.07
24	2	G	14422	0.07
25	1	E	13950	0.1
25	2	H	13950	0.1
26	1	F	14482	0.1
26	2	G	14482	0.1
27	1	F	15042	0.06
27	2	H	15042	0.06
28	1	G	14514	0.11
28	2	H	14514	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	282	-
R_work	0.216	5239	-
obs	-	-	79.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1033	-0.1087	0.0531	0.1973	-0.15	0.2219	-0.0121	-0.0261	0.0004	0.0049	0.0008	-0.0005	0.0181	0.0004	0.0113	0.0874	0.0051	0.0064	0.1053	0.0003	0.0017	51.9494	12.8563	64.3366
2	0.0202	0.0081	-0.0404	0.0681	-0.0371	0.0891	-0.0059	-0.0019	-0.001	-0.0059	0.0075	0.0087	0.003	-0.008	-0.0016	0.0863	0.0011	-0.0006	0.1078	0.0033	0.0086	46.859	18.9385	45.6329
3	0.0603	0.0467	-0.0696	0.262	0.0589	0.146	-0.0063	-0.0053	-0.0136	0.0156	-0.0009	-0.0265	-0.0046	0.0256	0.0072	0.0777	-0.0001	0.0037	0.1086	-0.0024	0.0089	25.0833	-15.2081	47.2246
4	0.1166	0.0756	0.033	0.1401	0.1269	0.2419	-0.0171	0.0253	-0.0051	-0.0037	-0.0001	0.0077	0.0207	0.0074	0.0172	0.0872	-0.0006	0.0071	0.1086	0.0014	0.0022	20.0609	-21.8144	27.3577
5	0.0802	0.0684	-0.0324	0.1158	-0.1113	0.1807	-0.0122	0.0206	-0.002	-0.0055	-0.001	-0.0027	-0.0095	-0.0036	0.0133	0.0899	-0.0046	0.0021	0.1094	0.0008	0.0033	20.7937	-12.7204	28.2821
6	0.0226	-0.0163	0.0425	0.0723	-0.0594	0.0948	-0.008	0.0007	0.0018	0.006	0.0067	0.0079	-0.0081	-0.0085	0.0013	0.0843	-0.0011	0.01	0.1054	0.0033	0.0088	15.3428	-18.5526	47.0057
7	0.1131	-0.0861	0.0011	0.1199	0.0769	0.1467	-0.0232	-0.0298	0.0072	0.0045	0.0003	0.0076	-0.0203	-0.0017	0.0229	0.0853	0.0034	0.0025	0.1103	-0.0014	0.0049	51.3412	22.0942	65.0788
8	0.0139	0.0015	0.0272	0.1039	0.0366	0.0688	-0.0077	-0.0017	0.0032	-0.0088	0.0044	-0.0152	0.0024	0.0026	0.0033	0.0824	0.0019	0.0092	0.1073	-0.0028	0.008	56.3809	15.4836	45.2133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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