[日本語] English
万見
- PDB-5gou: Structure of a 16-mer protein nanocage fabricated from its 24-mer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gou
タイトルStructure of a 16-mer protein nanocage fabricated from its 24-mer analogue by subunit interface redesign
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / 16-mer nanocage / subunit interface redesign
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / autophagosome / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Zhang, S. / Zang, J. / Wang, W. / Wang, H. / Zhao, G.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2016
タイトル: Conversion of the Native 24-mer Ferritin Nanocage into Its Non-Native 16-mer Analogue by Insertion of Extra Amino Acid Residues.
著者: Zhang, S. / Zang, J. / Wang, W. / Chen, H. / Zhang, X. / Wang, F. / Wang, H. / Zhao, G.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,63316
ポリマ－352,63316
非ポリマー00
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45470 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area91820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.588, 95.460, 111.973
Angle α, β, γ (deg.)67.08, 68.29, 70.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 22039.549 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % / 解説: leaf
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1% PEG 4K, 1% MPD, 0.1M NaAC

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→50 Å / Num. obs: 93623 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 7.676
反射 シェル解像度: 2.91→2.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / CC1/2: 0.851 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FHA

2fha


解像度: 2.91→49.553 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2752 3162 4.93 %4.93
Rwork0.228 ---
obs0.2303 64142 85.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→49.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18329 0 0 300 18629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48425115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.10111339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-2.95340.34991420.30442749X-RAY DIFFRACTION87
2.9534-2.99960.3641270.29162711X-RAY DIFFRACTION87
2.9996-3.04870.35361220.28442730X-RAY DIFFRACTION87
3.0487-3.10130.39311550.27542657X-RAY DIFFRACTION85
3.1013-3.15770.331450.28342611X-RAY DIFFRACTION85
3.1577-3.21840.33371370.27572725X-RAY DIFFRACTION87
3.2184-3.28410.32631310.26852727X-RAY DIFFRACTION88
3.2841-3.35550.30871500.26092646X-RAY DIFFRACTION87
3.3555-3.43350.27261670.24982731X-RAY DIFFRACTION87
3.4335-3.51940.31021510.24052669X-RAY DIFFRACTION87
3.5194-3.61450.26741380.22672694X-RAY DIFFRACTION86
3.6145-3.72080.27441320.23282706X-RAY DIFFRACTION86
3.7208-3.84090.3021390.23482698X-RAY DIFFRACTION87
3.8409-3.97810.26571380.21822657X-RAY DIFFRACTION85
3.9781-4.13730.25531090.20652614X-RAY DIFFRACTION84
4.1373-4.32550.23361350.19432654X-RAY DIFFRACTION85
4.3255-4.55340.25941370.18932658X-RAY DIFFRACTION85
4.5534-4.83850.24141360.18832657X-RAY DIFFRACTION85
4.8385-5.21170.26041340.20232608X-RAY DIFFRACTION84
5.2117-5.73540.2911410.22972574X-RAY DIFFRACTION83
5.7354-6.56370.26391230.24482557X-RAY DIFFRACTION81
6.5637-8.26340.27321390.20682531X-RAY DIFFRACTION82
8.2634-49.56050.19851340.21022416X-RAY DIFFRACTION78
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.2906 Å / Origin y: 10.1523 Å / Origin z: -7.4546 Å
111213212223313233
T0.2886 Å20.0309 Å2-0.0027 Å2-0.2963 Å2-0.0076 Å2--0.2303 Å2
L0.4363 °20.219 °2-0.032 °2-0.5387 °2-0.093 °2--0.1731 °2
S-0.0097 Å °0.0354 Å °0.0316 Å °-0.0554 Å °0.0293 Å °0.0284 Å °0.0166 Å °-0.0503 Å °-0.0123 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る