PDB-5go2: Crystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctiona...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5go2

タイトル

Crystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctional DAHP synthase of Bacillus subtilis in complex with Citrate

要素

Protein AroA(G)

キーワード

ISOMERASE / Type II chorismate mutase / CML domain / Bifunctional DAHP synthase / citrate / bacillus subtilis

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.907 Å

データ登録者

Pratap, S. / Dev, A. / Sharma, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure of Chorismate Mutase-like Domain of DAHPS from Bacillus subtilis Complexed with Novel Inhibitor Reveals Conformational Plasticity of Active Site.
著者: Pratap, S. / Dev, A. / Kumar, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P.

履歴

登録	2016年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5go2.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5go2.ent.gz	125.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5go2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5go2_validation.pdf.gz	488 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5go2_full_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示
XML形式データ	5go2_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5go2_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gmuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d8e-d 6ygt-d 5gmu-2 3w19-d 2kat-d 1ap0-d 5zb6-d 1nl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein AroA(G)

B: Protein AroA(G)

C: Protein AroA(G)

D: Protein AroA(G)

ヘテロ分子

42.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein AroA(G)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein AroA(G)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein AroA(G)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein AroA(G)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.090, 45.430, 48.320
Angle α, β, γ (deg.)	81.65, 82.88, 78.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Protein AroA(G) 分子量: 10430.755 Da / 分子数: 4 断片: Chorismate Mutase type II like domain, UNP residues 1-90 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: aroA, BSU29750 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P39912, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.907→24.67 Å / Num. obs: 26625 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 19.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GMU

5gmu

解像度: 1.907→24.665 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	1251	4.72 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1856	26509	91.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.907→24.665 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2817	0	61	123	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.76	3882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.708	1820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9071-1.9834	0.3572	143	0.3365	2465	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9834-2.0737	0.3165	141	0.2571	2769	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0737-2.1829	0.2577	114	0.2121	2808	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1829-2.3196	0.3069	144	0.21	2744	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3196-2.4986	0.2637	148	0.1908	2850	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4986-2.7497	0.2208	122	0.1861	2834	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7497-3.1469	0.2452	156	0.1868	2845	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1469-3.9621	0.2211	141	0.1541	2951	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9621-24.6674	0.1918	142	0.1687	2992	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2862	4.1732	0.8475	3.544	0.5589	0.3464	-0.0107	-0.121	-0.1044	0.1935	-0.0112	0.0938	0.0722	0.06	0.0035	0.288	0.0808	-0.0025	0.3007	0.0434	0.3193	5.1502	-3.0875	4.4632
2	1.7617	2.739	2.2061	9.9472	5.5582	5.8772	-0.2553	1.0913	-0.782	-1.6901	1.1813	-0.1432	0.7299	0.0469	-0.8576	0.5627	0.1266	-0.0457	0.8345	-0.0971	0.6312	-20.6325	-8.0836	-7.5798
3	5.2737	4.1713	4.822	3.2642	3.8187	4.4055	0.2433	0.0727	0.7213	0.6121	-0.1691	0.2491	0.6695	0.3804	0.0821	0.3268	0.1123	0.0683	0.4053	0.0262	0.5049	-14.2605	6.9217	-1.1992
4	7.3555	4.6167	1.1882	7.7076	0.3856	2.3306	-0.0463	0.6167	0.5533	-0.2875	0.2065	0.2791	0.0285	0.1434	-0.0904	0.2673	0.136	-0.0016	0.3855	0.065	0.303	-5.1118	3.7464	-4.0233
5	7.9628	5.0034	-1.9768	4.6164	-1.8529	1.3692	0.1287	0.0408	0.263	0.2787	-0.0052	0.2318	-0.0789	0.0073	-0.1564	0.2416	0.1043	0.0405	0.2162	0.005	0.2581	-1.6836	2.8147	4.7449
6	7.0967	2.1476	-2.2423	0.59	-0.5065	3.394	-0.0378	-0.1913	-0.4866	-0.2462	-0.3773	-0.1418	0.2563	0.561	0.3756	0.3071	0.1328	0.0056	0.3837	0.0522	0.378	14.9153	-2.0312	-5.1197
7	5.2274	4.7006	-1.0574	5.6465	-0.5699	1.0378	-0.0817	0.1746	-0.3223	-0.3578	-0.0977	-0.1869	0.1374	-0.0559	0.1289	0.293	0.0788	0.002	0.3799	0.0489	0.3165	4.6169	-1.2567	-5.9776
8	2.7935	1.9943	-2.3888	2.5746	-1.8472	1.917	0.131	0.1285	0.1065	-0.0073	0.015	0.1109	-0.1605	-0.0953	-0.1838	0.2731	0.0589	-0.0222	0.3188	0.0628	0.2859	-17.8295	20.8875	19.2099
9	8.1524	1.9758	4.4933	4.9688	2.199	8.9497	-0.7835	-1.2157	-0.6647	-0.0253	0.365	0.6945	0.9895	-0.5651	0.3153	0.6365	-0.0541	0.0516	0.4963	0.1002	0.8803	-26.6279	-1.8925	29.013
10	8.3333	4.9676	-3.9787	7.3661	-2.5413	8.5407	0.1512	0.3643	-1.0062	-0.8407	0.0888	-0.1958	1.677	-0.9699	-0.2829	0.8586	-0.0534	-0.1198	0.4184	0.0834	0.4891	-11.0461	3.0658	24.5571
11	5.7374	1.117	-1.4788	5.7639	-0.0954	2.4595	-0.1413	-0.1125	-0.2823	0.2142	-0.1556	-0.3139	0.2265	-0.0889	0.2893	0.3828	0.0389	-0.0136	0.2737	0.0442	0.2309	-13.8959	11.6402	28.0316
12	8.2291	7.756	3.5741	6.8501	2.7906	0.8035	0.1027	0.0978	-0.1257	0.0523	-0.0935	-0.1432	0.0846	0.1311	-0.0558	0.3215	0.0582	0.0246	0.3635	0.0419	0.343	-12.479	14.4353	18.2966
13	8.2975	7.7127	1.9525	7.5068	1.4325	3.1987	0.129	-0.0193	0.0278	0.3297	-0.1233	-0.0482	-0.4029	-0.1426	0.018	0.3923	0.1284	-0.0277	0.3471	0.0362	0.4474	-15.9401	30.3364	27.1947
14	4.3413	5.863	-1.9418	8.7874	-1.2915	2.7772	0.4713	-0.7814	-0.1687	0.8865	-0.3849	-0.2674	-0.07	0.1866	-0.0145	0.4654	0.0536	-0.0438	0.2812	0.0198	0.2474	-12.0655	22.9705	30.235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 61 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 62 through 88 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 40 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 41 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 48 through 61 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 62 through 88 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 40 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 41 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 68 through 87 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)