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- PDB-5gnj: Structure of a transcription factor and DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gnj
タイトルStructure of a transcription factor and DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')
  • Transcription factor MYC2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcription factor / DNA / complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of L-tryptophan metabolic process / regulation of defense response to insect / regulation of secondary cell wall biogenesis / indole glucosinolate biosynthetic process / response to desiccation / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / extracellular ATP signaling / L-tryptophan metabolic process / stomatal complex development / response to jasmonic acid ...regulation of L-tryptophan metabolic process / regulation of defense response to insect / regulation of secondary cell wall biogenesis / indole glucosinolate biosynthetic process / response to desiccation / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / extracellular ATP signaling / L-tryptophan metabolic process / stomatal complex development / response to jasmonic acid / response to abscisic acid / regulation of DNA-binding transcription factor activity / abscisic acid-activated signaling pathway / response to wounding / kinase binding / protein homotetramerization / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor AIB/MYC-like / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor MYC2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lian, T. / Xu, Y. / Su, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of Tetrameric Arabidopsis MYC2 Reveals the Mechanism of Enhanced Interaction with DNA.
著者: Lian, T.F. / Xu, Y.P. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2016年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Transcription factor MYC2
I: Transcription factor MYC2
K: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')
A: Transcription factor MYC2
B: Transcription factor MYC2
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')
E: Transcription factor MYC2
F: Transcription factor MYC2
H: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')
M: Transcription factor MYC2
N: Transcription factor MYC2
O: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,21616
ポリマ－120,21616
非ポリマー00
水1,11762
1
G: Transcription factor MYC2
I: Transcription factor MYC2
K: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0544
ポリマ－30,0544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
2
A: Transcription factor MYC2
B: Transcription factor MYC2
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0544
ポリマ－30,0544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
3
E: Transcription factor MYC2
F: Transcription factor MYC2
H: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0544
ポリマ－30,0544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
4
M: Transcription factor MYC2
N: Transcription factor MYC2
O: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0544
ポリマ－30,0544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.100, 79.700, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain E
41chain F
51chain G
61chain I
71chain M
81chain N
12chain C
22chain H
32chain K
42chain O
13chain D
23chain J
33chain L
43chain P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNARGARGchain AAE452 - 5258 - 81
21GLUGLUARGARGchain BBF449 - 5255 - 81
31ASNASNARGARGchain EEI452 - 5258 - 81
41ASNASNGLYGLYchain FFJ452 - 5248 - 80
51ASNASNGLYGLYchain GGA452 - 5248 - 80
61GLUGLUALAALAchain IIB449 - 5235 - 79
71ASNASNGLYGLYchain MMM452 - 5248 - 80
81ASNASNGLYGLYchain NNN452 - 5248 - 80
12DADADCDCchain CCG603 - 6161 - 14
22DADADCDCchain HHK603 - 6161 - 14
32DADADCDCchain KKC603 - 6161 - 14
42DGDGDCDCchain OOO604 - 6162 - 14
13DGDGDCDCchain DDH804 - 8172 - 15
23DGDGDCDCchain JJL805 - 8173 - 15
33DGDGDCDCchain LLD804 - 8172 - 15
43DGDGDCDCchain PPP805 - 8163 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor MYC2 / AtMYC2 / Basic helix-loop-helix protein 6 / bHLH 6 / Protein JASMONATE INSENSITIVE 1 / R-homologous ...AtMYC2 / Basic helix-loop-helix protein 6 / bHLH 6 / Protein JASMONATE INSENSITIVE 1 / R-homologous Arabidopsis protein 1 / RAP-1 / Transcription factor EN 38 / Z-box binding factor 1 protein / bHLH transcription factor bHLH006 / rd22BP1


分子量: 10436.967 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 446-525 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q39204
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4588.001 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4591.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 20% v/v 2-Propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→49.65 Å / Num. obs: 32765 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 63.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.02
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.66-2.70.5631.510.629161.5
2.7-2.80.5831.910.618194.3
2.8-30.3892.730.795198.2
3-40.07810.890.992196.1
4-60.03225.160.997195.1
6-80.02827.390.998193.5
8-100.02333.060.998192.8
10-200.02132.830.998188.1
20-300.02131.40.998164.4
300.03115.73115.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.649 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 1612 5.06 %
Rwork0.2056 --
obs0.2091 31841 95.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 247.44 Å2 / Biso mean: 79.9792 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4642 2190 0 62 6894
Biso mean---58.39 -
残基数----699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43510023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7132868
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
12B2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
13E2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
14F2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
15G2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
16I2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
17M2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
18N2801X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
21C532X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
22H532X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
23K532X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
24O532X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
31D514X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
32J514X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
33L514X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
34P514X-RAY DIFFRACTION15.081TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.77950.42281400.35592448258893
2.7795-2.86920.34911410.30982559270098
2.8692-2.97170.34761150.26872569268498
2.9717-3.09070.35311350.26482599273498
3.0907-3.23130.31881310.25962543267498
3.2313-3.40160.28131290.20552549267897
3.4016-3.61470.29251290.20282513264295
3.6147-3.89370.26061280.19792482261095
3.8937-4.28530.21451330.1792488262194
4.2853-4.90490.2361460.16782516266296
4.9049-6.17780.26591460.1952506265295
6.1778-49.6570.26811390.18752457259691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.11881.2544-1.53572.8923-3.11893.44490.18830.0451-0.0583-0.29840.1485-0.07360.3149-0.659-0.54490.4905-0.1246-0.03180.39450.04290.485516.894-27.89665.732
25.41153.0547-1.55052.7070.48952.13460.73480.65260.28672.982-0.37581.4988-0.593-0.058-0.27150.86220.07880.11990.447-0.01180.98711.462518.996725.5593
36.24921.6940.04447.95661.02453.7922-0.33670.6075-0.15460.0438-0.2963-1.34430.67511.15170.59020.51450.09510.0090.65110.13790.63722.07982.59511.9151
46.131-0.7025-0.67823.9091-1.93167.63050.3771.5663-0.0475-0.4695-0.6033-0.06850.6425-0.01090.2770.566-0.1639-0.12490.5494-0.14910.463518.40554.846715.0865
55.61460.53130.80475.43320.0894.9174-0.10050.19790.3536-0.4830.1165-0.3285-0.21420.40430.03890.4832-0.160.10120.4374-0.09320.48633.459-10.73665.819
63.57871.9740.87332.53652.35362.9036-0.10451.25420.15862.2693-0.3251.52710.41020.49090.29530.6039-0.02-0.02390.501-0.00190.629439.341-58.14325.5108
76.0668-0.9278-0.26897.36042.83274.083-0.88551.1921-0.0639-0.4966-0.45181.0047-2.0904-1.25451.11640.9098-0.0584-0.16010.9232-0.21970.900128.9729-41.989712.1144
88.08431.26230.21784.92111.4123.49880.16781.6212-0.44910.0472-0.4780.8327-0.58070.39080.28230.6928-0.1232-0.01530.77450.04720.196832.7101-43.900714.8807
93.7589-0.90373.18932.90212.51248.3422-0.26581.05260.4234-0.32540.2073-0.0223-1.22581.12610.11430.562-0.2847-0.06820.66930.10420.564350.712-14.74965.233
103.4425-2.73561.12852.69580.03353.17490.69111.6711-1.454-1.3639-1.50071.2752.27280.84230.7121.46260.04490.03850.8775-0.09641.002459.3299-42.700512.4285
117.4328-0.72192.21852.52951.71539.9727-0.99150.22152.1144-0.1331-0.2891.1792-2.5326-0.42621.28861.11940.2704-0.30521.1734-0.04881.21947.3744-25.74430.9317
125.5816-1.9032-3.20228.35320.8792.78690.05941.13170.974-0.3851-1.12130.5618-1.84650.5251.14221.3004-0.0925-0.1970.75060.13390.806749.4194-26.29346.0116
133.812-3.70954.18238.8786-5.62765.1027-0.08530.4371-1.5292.50610.28-0.26531.62435.5067-0.48151.34970.55040.08561.75970.22810.965864.9833-42.85368.9656
144.6420.3552-0.96345.00970.89222.7162-0.57890.7953-0.3503-0.61220.30050.40560.55770.97990.26760.8799-0.4213-0.0010.86330.04750.4865-0.576-23.86764.707
157.53893.2181-1.36554.3612.98795.58350.35411.87460.6265-0.2049-0.19450.1009-0.90610.0581-0.19771.2062-0.15410.04331.08140.32930.616-0.8622-9.63386.2631
163.4418-1.0963.11295.32050.88163.5650.24561.638-0.9213-0.3165-0.62830.49911.66420.43270.33281.3358-0.21560.08281.0464-0.07031.0815.1487-18.11857.3624
175.68230.80442.84116.33750.91532.01120.66742.4328-0.28670.15920.12210.6683-2.1037-2.1506-0.35271.39530.1594-0.08281.95880.46160.891-9.8126-3.60423.7533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND RESID 505:524 )G505 - 524
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN K AND RESID 603:607 )K603 - 607
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN K AND RESID 608:616 )K608 - 616
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 804:817 )L804 - 817
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 505:525 )A505 - 525
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 603:607 )C603 - 607
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 608:616 )C608 - 616
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 804:817 )D804 - 817
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 505:525 )E505 - 525
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 603:610 )H603 - 610
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 611:616 )H611 - 616
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN J AND RESID 805:812 )J805 - 812
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN J AND RESID 813:817 )J813 - 817
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN M AND RESID 505:524 )M505 - 524
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN O AND RESID 604:616 )O604 - 616
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN P AND RESID 805:811 )P805 - 811
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN P AND RESID 812:816 )P812 - 816

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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