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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gn3 | ||||||
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タイトル | Structure of selenomethionine-labelled Uracil DNA glycosylase (BdiUNG) from Bradyrhizobium diazoefficiens | ||||||
要素 | Blr0248 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Uracil DNA glycosylase (UDG) / Bradyrhizobium diazoefficiens / nitrogen fixing symbiont | ||||||
機能・相同性 | Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Blr0248 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.281 Å | ||||||
データ登録者 | Patil, V.V. / Chembazhi, U.V. / Varshney, U. / Woo, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Uracil DNA glycosylase (UDG) activities in Bradyrhizobium diazoefficiens: characterization of a new class of UDG with broad substrate specificity 著者: Chembazhi, U.V. / Patil, V.V. / Sah, S. / Reeve, W. / Tiwari, R.P. / Woo, E. / Varshney, U. #1: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2015 タイトル: A unique uracil-DNA binding protein of the uracil DNA glycosylase superfamily 著者: Sang, P.B. / Srinath, T. / Patil, A.G. / Woo, E. / Varshney, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gn3.cif.gz | 224.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gn3.ent.gz | 189 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gn3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gn3_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gn3_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gn3_validation.xml.gz | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gn3_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29960.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌) 株: USDA 110 / 遺伝子: blr0248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q89XR0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium citrate, 100 mM sodium citrate/citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.281→30.99 Å / Num. obs: 132492 / % possible obs: 91.73 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 21.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.281→2.32 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.281→30.99 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.281→30.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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