PDB-5gn3: Structure of selenomethionine-labelled Uracil DNA glycosylase (Bd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gn3

タイトル

Structure of selenomethionine-labelled Uracil DNA glycosylase (BdiUNG) from Bradyrhizobium diazoefficiens

要素

Blr0248 protein

キーワード

HYDROLASE / Uracil DNA glycosylase (UDG) / Bradyrhizobium diazoefficiens / nitrogen fixing symbiont

機能・相同性

Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Blr0248 protein

機能・相同性情報

生物種

Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Patil, V.V. / Chembazhi, U.V. / Varshney, U. / Woo, E.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Uracil DNA glycosylase (UDG) activities in Bradyrhizobium diazoefficiens: characterization of a new class of UDG with broad substrate specificity
著者: Chembazhi, U.V. / Patil, V.V. / Sah, S. / Reeve, W. / Tiwari, R.P. / Woo, E. / Varshney, U.

履歴

登録	2016年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gn3.cif.gz	228.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gn3.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gn3_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gn3_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	5gn3_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	5gn3_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gn2C 5gnwC 5grkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gnw-1 5gnw-2 5gn2-2 5gn2-1 5grk-2 5gnw-4 1of8-d 1fx6-d 4icm-1 3w74-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Blr0248 protein

B: Blr0248 protein

C: Blr0248 protein

D: Blr0248 protein

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Blr0248 protein

B: Blr0248 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Blr0248 protein

D: Blr0248 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.956, 90.068, 256.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Blr0248 protein / Uracil DNA glycosylase 分子量: 29960.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌) 株: USDA 110 / 遺伝子: blr0248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q89XR0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.06 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium citrate, 100 mM sodium citrate/citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.281→30.99 Å / Num. obs: 132492 / % possible obs: 91.73 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 21.39
反射シェル	解像度: 2.281→2.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.281→30.99 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	3764	2.84 %
R_work	0.1799	-	-
obs	0.1808	132492	91.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.281→30.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8396	0	0	621	9017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8635
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	11773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.192	3095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2811-2.31	0.2516	104	0.2306	3508	X-RAY DIFFRACTION	67
2.31-2.3404	0.2431	128	0.2325	4418	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3404-2.3724	0.2995	126	0.2218	4341	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3724-2.4063	0.2903	129	0.2168	4473	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4063-2.4422	0.2061	132	0.2223	4452	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4422-2.4804	0.2632	133	0.2122	4464	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4804-2.521	0.3408	127	0.227	4457	X-RAY DIFFRACTION	86
2.521-2.5645	0.2733	129	0.2216	4522	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5645-2.6111	0.2383	134	0.2227	4578	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6111-2.6613	0.2492	130	0.2227	4595	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6613-2.7156	0.2354	131	0.2102	4580	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7156-2.7746	0.2963	134	0.2024	4614	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7746-2.8391	0.2565	141	0.2112	4737	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8391-2.91	0.2277	146	0.2082	4795	X-RAY DIFFRACTION	93
2.91-2.9886	0.2464	146	0.2093	4905	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9886-3.0765	0.243	148	0.2005	4970	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0765-3.1757	0.2172	147	0.194	4990	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1757-3.2891	0.2158	149	0.1982	5037	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2891-3.4206	0.2023	152	0.1881	5047	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4206-3.5761	0.2013	149	0.1721	5202	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5761-3.7643	0.1903	153	0.1646	5078	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7643-3.9997	0.1751	151	0.1586	5162	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9997-4.3078	0.1667	146	0.1424	5189	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3078-4.7399	0.1932	152	0.1373	5206	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7399-5.4226	0.1757	151	0.1414	5161	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4226-6.8199	0.1924	146	0.1579	5191	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8199-30.993	0.1501	150	0.1479	5056	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)