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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gn2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Uracil DNA glycosylase (BdiUNG) from Bradyrhizobium diazoefficiens | ||||||
![]() | Blr0248 protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Uracil DNA glycosylase (UDG) / Bradyrhizobium diazoefficiens / nitrogen fixing symbion | ||||||
機能・相同性 | Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Blr0248 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patil, V.V. / Chembazhi, U.V. / Varshney, U. / Woo, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Uracil DNA glycosylase (UDG) activities in Bradyrhizobium diazoefficiens: characterization of a new class of UDG with broad substrate specificity 著者: Chembazhi, U.V. / Patil, V.V. / Sah, S. / Reeve, W. / Tiwari, R.P. / Woo, E. / Varshney, U. #1: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2015 タイトル: A unique uracil-DNA binding protein of the uracil DNA glycosylase superfamily 著者: Sang, P.B. / Srinath, T. / Patil, A.G. / Woo, E. / Varshney, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29725.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: USDA 110 / 遺伝子: blr0248 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium citrate, 100 mM sodium citrate/citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.952→30.524 Å / Num. obs: 117654 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 13.34 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.952→30.524 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.952→30.524 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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