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- PDB-5gl4: Crystal structure of TON_0340 in complex with Mn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gl4
タイトルCrystal structure of TON_0340 in complex with Mn
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TON_0340 / Thermococcus onnurineus / Mn2+-dependent phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glutamate cyclase activity / glutamate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TON_0340 / D-glutamate cyclase-like, C-terminal / D-glutamate cyclase-like, C-terminal / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-glutamate cyclase-like C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, S.G. / Sohn, Y.S. / Oh, B.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Oceans and Fisheries 韓国
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Identification of a Highly Conserved Hypothetical Protein TON_0340 as a Probable Manganese-Dependent Phosphatase.
著者: Sohn, Y.S. / Lee, S.G. / Lee, K.H. / Ku, B. / Shin, H.C. / Cha, S.S. / Kim, Y.G. / Lee, H.S. / Kang, S.G. / Oh, B.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Experimental phasing using zinc anomalous scattering.
著者: Cha, S.S. / An, Y.J. / Jeong, C.S. / Kim, M.K. / Lee, S.G. / Lee, K.H. / Oh, B.H.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,57923
ポリマ－174,6456
非ポリマー93417
水4,720262
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4907
ポリマ－58,2152
非ポリマー2755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5458
ポリマ－58,2152
非ポリマー3306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
3
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5458
ポリマ－58,2152
非ポリマー3306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.041, 107.041, 360.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 29107.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YTD8
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium acetate pH, 16% 2-methyl-2,4-pentanediol, manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 112616 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 2.004 / Net I/av σ(I): 19.88 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 443354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.03-2.071.50.31535171.71652.3
2.07-2.11.60.28440501.13759.9
2.1-2.141.70.26440750.97860.8
2.14-2.191.80.27443331.09164.1
2.19-2.231.90.25945281.11767.1
2.23-2.292.10.25847861.24471
2.29-2.342.20.23650731.17975.2
2.34-2.412.40.22752341.21177.3
2.41-2.482.60.20454161.2579.9
2.48-2.562.90.19156901.30684.2
2.56-2.653.30.1758831.32986.5
2.65-2.763.50.15160971.36389.2
2.76-2.883.90.12861991.41791.4
2.88-3.034.30.10764451.51194.1
3.03-3.224.80.08765561.58695.9
3.22-3.475.60.07467441.86997.9
3.47-3.826.20.07268062.75598.5
3.82-4.376.30.06568623.25198.8
4.37-5.516.70.05570022.78299.2
5.51-506.80.03573201.81898.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FC5

4fc5


解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 4804 4.5 %
Rwork0.217 90194 -
obs-94998 88.4 %
溶媒の処理Bsol: 27.5887 Å2
原子変位パラメータBiso max: 121.85 Å2 / Biso mean: 41.3897 Å2 / Biso min: 15.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.881 Å20 Å20 Å2
2---0.881 Å20 Å2
3---1.762 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12087 0 17 262 12366
Biso mean--55.75 37.31 -
残基数----1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1262.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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