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- PDB-5gkw: crystal structure of SZ529 complex with (R,R)-cyclopentanediol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkw
タイトルcrystal structure of SZ529 complex with (R,R)-cyclopentanediol
要素Limonene-1,2-epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / mutant R / R-selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1~{R},2~{R})-cyclopentane-1,2-diol / Limonene-1,2-epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wu, L. / Sun, Z.T. / Reetz, M.T. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of SZ529 complex with (R,R)-cyclopentanediol
著者: Wu, L. / Sun, Z.T. / Reetz, M.T. / Zhou, J.H.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7413
ポリマ－34,6392
非ポリマー1021
水2,594144
1
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4212
ポリマ－17,3191
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3191
ポリマ－17,3191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子

A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8434
ポリマ－34,6392
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_585-x,-y+3,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
4
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase

B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6392
ポリマ－34,6392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_585-x,-y+3,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.856, 60.541, 119.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

HOH

21A-416-

HOH

31B-225-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量: 17319.320 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-149 / 変異: M32V/M78V/I80V/L114F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: limA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-6VV / (1~{R},2~{R})-cyclopentane-1,2-diol / シクロペンタン-1β,2α-ジオ-ル


分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4M sodium citrate, 0.1M Hepes pH 7.0 / PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.93911 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日
放射モノクロメーター: si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 1.4 / Net I/σ(I): 12.365
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACK2.3.8データスケーリング
PHENIX1.9-1692位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CF1

5cf1


解像度: 2.01→47.556 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1248 4.86 %
Rwork0.2261 --
obs0.228 25700 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→47.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 7 144 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3432807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.209734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.09050.33361400.28212673X-RAY DIFFRACTION100
2.0905-2.18560.25111360.24492639X-RAY DIFFRACTION100
2.1856-2.30080.31851450.2472671X-RAY DIFFRACTION100
2.3008-2.4450.26771380.23512693X-RAY DIFFRACTION100
2.445-2.63380.27421110.25422712X-RAY DIFFRACTION100
2.6338-2.89880.30461280.25942727X-RAY DIFFRACTION100
2.8988-3.31810.29231450.2482720X-RAY DIFFRACTION100
3.3181-4.18010.2521400.20812756X-RAY DIFFRACTION100
4.1801-47.56910.22761650.19872861X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.6343 Å / Origin y: 81.2832 Å / Origin z: 145.6554 Å
111213212223313233
T0.7497 Å2-0.0601 Å2-0.0153 Å2-0.2798 Å20.0782 Å2--0.3114 Å2
L1.1488 °20.2465 °2-0.0284 °2-3.3341 °2-0.2376 °2--1.6889 °2
S0.223 Å °-0.1671 Å °-0.275 Å °1.4315 Å °-0.0445 Å °-0.022 Å °0.0852 Å °-0.0849 Å °-0.0347 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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