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- PDB-5gj6: Functional and structural characterization of P[19] rotavirus VP8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gj6
タイトルFunctional and structural characterization of P[19] rotavirus VP8* interaction with histo-blood group antigens
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / P[19] VP8*
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.388 Å
データ登録者Sun, X. / Duan, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81472003; 31500139 中国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2016
タイトル: Functional and Structural Characterization of P[19] Rotavirus VP8* Interaction with Histo-blood Group Antigens.
著者: Sun, X. / Li, D. / Peng, R. / Guo, N. / Jin, M. / Zhou, Y. / Xie, G. / Pang, L. / Zhang, Q. / Qi, J. / Duan, Z.J.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid protein VP4
E: Outer capsid protein VP4
F: Outer capsid protein VP4
G: Outer capsid protein VP4
H: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,36112
ポリマ－144,9778
非ポリマー3844
水6,521362
1
A: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2182
ポリマ－18,1221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2182
ポリマ－18,1221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2182
ポリマ－18,1221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2182
ポリマ－18,1221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.904, 129.782, 86.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Outer capsid protein VP4


分子量: 18122.115 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 64-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / プラスミド: pET3oa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Q2P6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.388→50 Å / Num. obs: 70312 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.974 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DWR

2dwr


解像度: 2.388→33.822 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 3413 4.86 %
Rwork0.2155 --
obs0.2176 70272 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.21 Å2 / Biso mean: 40.1406 Å2 / Biso min: 16.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.388→33.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10232 0 20 362 10614
Biso mean--29.38 42.12 -
残基数----1280
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37870.0825-0.11030.056-0.19270.85240.2618-0.00920.2337-0.275-0.19960.055-0.1044-0.5056-0.0340.2944-0.02340.00990.16820.02350.2434183.7097-3.5863102.2183
20.4346-0.0833-0.55090.7449-0.23760.8271-0.1581-0.02040.05250.04580.14420.0638-0.4195-0.0361-0.0030.2827-0.03920.00570.16780.01410.2402180.4526-0.9093120.3156
30.9404-0.15280.21410.65190.19181.5601-0.05440.068-0.01810.10910.06580.0363-0.1084-0.0265-00.2725-0.03490.03310.16190.00460.2217180.7692-8.0937116.6612
40.2798-0.10840.06970.09830.02690.12510.1940.1612-0.1371-0.1393-0.1973-0.1342-0.02640.4957-00.27960.0037-0.02340.30540.00790.2074191.6415-10.2403104.3606
50.49520.34330.56190.9362-0.45141.17810.0620.0231-0.1120.0628-0.09430.09950.1298-0.2461-0.00210.2712-0.04750.04040.23780.05010.2542169.434117.4587135.2435
60.94810.47850.0451.36460.08060.6617-0.11660.0003-0.1665-0.09790.1007-0.0635-0.0841-0.046900.22370.00670.05070.14910.03140.1911179.638819.6583123.7943
70.5821-0.4734-0.23790.47660.50481.2749-0.1619-0.01530.10150.14990.1240.008-0.0298-0.0712-0.00180.2441-0.01630.01180.14530.01580.2227171.592326.4981129.8752
80.32480.04930.11280.3038-0.1980.1623-0.1464-0.3688-0.0320.1956-0.01850.10070.12850.051400.221-0.02940.01530.30790.01380.2702173.252525.4755142.7577
90.11660.1392-0.24030.2056-0.27970.45530.48930.09690.1708-0.0001-0.3133-0.5928-0.56870.241-0.00770.26520.0030.0210.29850.02910.357202.423446.0805112.3966
100.56660.3402-0.33520.48920.09260.43780.09780.30610.1531-0.116-0.205-0.3587-0.02320.4738-0.00230.3708-0.05920.03710.2394-0.03890.4096194.851943.9539115.526
110.65420.1597-0.22210.56270.5240.7135-0.0649-0.17070.12560.14650.0995-0.1317-0.19410.136100.2195-0.0175-0.00230.249-0.02610.3002191.608640.9483131.187
120.2882-0.00340.18860.3674-0.28530.3237-0.068-0.1097-0.0085-0.0139-0.10440.07770.0398-0.145600.2233-0.0455-0.00090.26-0.00950.3456183.65541.361129.1507
130.24370.05130.00170.0414-0.08480.1202-0.07770.22760.3823-0.2291-0.0445-0.0977-0.0189-0.16240.00250.2123-0.01720.02360.1750.08430.2882192.99338.1593116.7582
141.3418-0.34280.41772.73560.45420.2437-0.04650.5237-0.5303-0.04640.2778-0.3642-0.1960.24390.02230.19860.01650.01510.1167-0.00810.2699183.984738.3443115.9383
150.29650.23090.20280.17710.15650.1245-0.04510.1887-0.3659-0.01850.15820.45910.0706-0.0619-00.21230.0267-0.01850.2510.00490.2477186.30831.4983118.6764
160.08570.03980.07210.0150.03250.0582-0.15840.3553-0.2242-0.5888-0.0714-0.3811-0.415-0.1534-00.387-0.00460.05840.31940.00140.4387181.032351.4633115.3323
170.7487-0.7276-0.43511.2064-0.01890.65560.00810.64340.2729-0.0048-0.1046-0.2185-0.48130.2762-0.03070.1481-0.0471-0.01690.2173-0.02350.3774197.583748.0542120.9474
180.184-0.0707-0.10240.1481-0.12480.2386-0.08310.1561-0.1163-0.35930.0027-0.19110.01570.039-00.3058-0.01490.04020.2743-0.01020.3153195.892235.163109.9912
190.21620.20490.29990.31420.01350.7670.0240.2678-0.1955-0.06380.1451-0.13860.05920.0334-00.4117-0.02330.00860.298-0.04170.2938156.447734.429792.8141
200.4757-0.4781-0.01160.42720.29991.44760.15180.2739-0.1641-0.2337-0.21780.16350.1087-0.1977-00.2995-0.0052-0.04210.27810.00130.3232144.679137.6123106.8752
210.14470.16250.30970.56640.32660.5818-0.0679-0.16980.07660.0850.12420.0971-0.101-0.408200.25920.0006-0.01010.28710.02660.2385144.115441.3816109.0417
220.2916-0.4135-0.07480.41790.09390.07450.0666-0.1488-0.04950.4141-0.2407-0.1996-0.10420.1777-00.3966-0.0465-0.01180.34320.01260.2748151.251338.6894113.4038
230.66980.0569-0.01720.0271-0.20280.58430.17330.08190.2551-0.1299-0.1323-0.3926-0.15580.0898-0.00010.25860.01520.02170.1641-0.01570.2331158.091244.3377102.8548
240.1924-0.0483-0.09750.0390.00540.2185-0.36360.274-0.0471-0.01290.1712-0.0611-0.10970.169200.4496-0.027-0.00970.2879-0.01750.2994157.468429.6726103.3964
250.0825-0.1252-0.10810.24450.08050.21380.11810.25210.0594-0.3138-0.0228-0.1470.0304-0.121-00.43220.03990.06180.3045-0.00450.2615158.163844.434891.9377
260.6994-0.3718-0.10190.5041-0.38020.54790.37320.49950.1633-0.0654-0.05220.0633-0.1874-0.28770.01620.43240.01770.00610.60870.01680.2479157.0288-2.15145.3368
270.5204-0.38940.57560.2715-0.42730.6227-0.11190.08160.1445-0.08650.09390.0864-0.1385-0.246100.2397-0.0448-0.00240.3416-0.06660.2349156.0849-3.8645159.8813
280.463-0.1089-0.20680.3494-0.26820.6881-0.00240.0977-0.0318-0.04570.0266-0.1232-0.040.0985-00.2581-0.04150.01540.30460.00250.2394164.0924-1.8915167.5489
290.4811-0.6512-0.05160.8952-0.06370.39060.0964-0.0187-0.0165-0.0225-0.00730.0992-0.04330.0081-00.3296-0.05140.0090.3609-0.03770.2332159.8922-9.3322159.8259
301.10760.65681.16830.46780.47791.31550.02930.2754-0.185-0.0647-0.0401-0.06540.0657-0.0132-0.00020.3212-0.08390.01510.36-0.00020.2385158.9865-11.163153.4948
310.56150.03890.06670.4568-0.10390.15220.03850.648-0.1925-0.6223-0.1139-0.24690.11890.1983-0.01250.4818-0.06470.0070.496-0.05510.2558166.5904-6.5109143.8556
321.40060.5231-0.36250.52030.62684.2107-0.287-0.2984-0.14420.1249-0.08030.26730.9022-0.6076-0.15730.1919-0.10230.00130.6217-0.04020.3847146.056917.7007168.4625
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350.6009-0.14840.38850.1050.07440.4713-0.128-0.55390.42160.36430.12820.2941-0.0333-0.68080.00260.3471-0.01880.05060.63430.02810.4417150.925321.2114176.4854
360.76230.2170.00110.67120.3590.2151-0.15370.22720.0489-0.33820.0186-0.3831-0.12790.4387-00.3142-0.05870.00260.37880.04560.4156184.242644.6035163.7726
370.15210.147-0.15780.1861-0.14810.1267-0.09180.1255-0.09650.07280.1049-0.1909-0.0686-0.120900.3140.0616-0.05850.28950.01040.4091172.063245.037171.4555
380.27790.291-0.01080.2642-0.05750.5608-0.1068-0.14080.1117-0.18830.03460.1101-0.34750.0076-00.2790.0214-0.07190.2818-0.00820.3922174.516532.2788182.2894
390.1567-0.15730.02891.64090.65640.3854-0.04790.05110.06680.0071-0.0746-0.0072-0.073-0.1941-00.25280.0472-0.02830.30040.0130.3023171.168238.152168.0999
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410.60530.28020.64090.16780.33890.6142-0.07830.3272-0.0215-0.2391-0.00470.1380.3088-0.1924-00.47660.0308-0.09970.5576-0.08520.4486123.704235.5293134.4852
420.3749-0.11180.34290.1330.09740.5273-0.0749-0.0222-0.21650.3341-0.03470.35290.1332-0.0449-00.32360.0229-0.0010.34980.04910.407120.242340.1708152.2721
430.38360.38330.40770.33560.36110.3704-0.065-0.2669-0.0601-0.0035-0.13550.24990.28960.040900.35650.0464-0.01470.31780.04720.3496122.869948.3689148.6717
440.46230.36980.08351.05860.58540.94520.0338-0.1695-0.1970.038-0.0629-0.1106-0.04260.3512-0.00260.24840.0826-0.02840.30350.06290.276131.768440.5076145.3427
450.4030.018-0.01030.31450.18360.4417-0.00380.2933-0.2148-0.09860.02480.0430.25380.0948-00.51010.036-0.09480.4636-0.06290.3823127.077641.1022132.8974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )A1 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 58 )A23 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 140 )A59 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 141 through 160 )A141 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 33 )B1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 34 through 106 )B34 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 140 )B107 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 141 through 160 )B141 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 26 )C11 - 26
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 27 through 81 )C27 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 82 through 96 )C82 - 96
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 97 through 106 )C97 - 106
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 107 through 114 )C107 - 114
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 115 through 126 )C115 - 126
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 127 through 133 )C127 - 133
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 134 through 140 )C134 - 140
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 141 through 160 )C141 - 160
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 22 )D1 - 22
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 23 through 58 )D23 - 58
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 59 through 81 )D59 - 81
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 82 through 96 )D82 - 96
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 97 through 126 )D97 - 126
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 127 through 139 )D127 - 139
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 140 through 160 )D140 - 160
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 22 )E1 - 22
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 23 through 45 )E23 - 45
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 46 through 81 )E46 - 81
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 82 through 106 )E82 - 106
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 107 through 140 )E107 - 140
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 141 through 160 )E141 - 160
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 1 through 22 )F1 - 22
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 23 through 96 )F23 - 96
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 97 through 139 )F97 - 139
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 140 through 160 )F140 - 160
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 1 through 26 )G1 - 26
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 27 through 45 )G27 - 45
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 46 through 58 )G46 - 58
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 59 through 133 )G59 - 133
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 134 through 160 )G134 - 160
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 1 through 26 )H1 - 26
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 27 through 67 )H27 - 67
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 68 through 81 )H68 - 81
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 82 through 133 )H82 - 133
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 134 through 160 )H134 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る