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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5giw | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of Humanin containing a D-isomerized serine residue | ||||||
要素 | Humaninヒューマニン | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / D-Ser / Alzheimer disease (アルツハイマー病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of interleukin-18 production / receptor antagonist activity / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of execution phase of apoptosis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of amyloid fibril formation / leukocyte chemotaxis ...negative regulation of interleukin-18 production / receptor antagonist activity / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of execution phase of apoptosis / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of amyloid fibril formation / leukocyte chemotaxis / sperm flagellum / supramolecular fiber organization / sperm midpiece / mitochondrion organization / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / : / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Furuita, K. / Sugiki, T. / Alsanousi, N. / Fujiwara, T. / Kojima, C. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016 タイトル: Solution NMR structure and inhibitory effect against amyloid-beta fibrillation of Humanin containing a d-isomerized serine residue 著者: Alsanousi, N. / Sugiki, T. / Furuita, K. / So, M. / Lee, Y.H. / Fujiwara, T. / Kojima, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5giw.cif.gz | 154.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5giw.ent.gz | 98.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5giw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2691.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IVG9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2.0 mM D-Ser-containing humanin, trifluoroethanol/water 詳細: peptides were dissolved in a 7:3 [v/v] H2O/TFE-d3 solution Label: sample_1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 2.0 mM / 構成要素: D-Ser-containing humanin / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7 Not defined / 圧: 1 bar / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |