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万見
- PDB-5ghz: Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ghz
タイトルCrystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "pre-deacylation" intermediate
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CED / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Pan, X. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystallographic Snapshots of Class A beta-Lactamase Catalysis Reveal Structural Changes That Facilitate beta-Lactam Hydrolysis
著者: Pan, X. / He, Y. / Lei, J. / Huang, X. / Zhao, Y.
履歴
登録2016年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-lactamase
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3554
ポリマ－59,6742
非ポリマー6812
水8,719484
1
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1772
ポリマ－29,8371
非ポリマー3401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1772
ポリマ－29,8371
非ポリマー3401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.290, 45.490, 66.100
Angle α, β, γ (deg.)77.810, 75.480, 68.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 29836.832 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-307 / 変異: E166H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: penP, blaP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00808, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CED / 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID / DEGRADED CEPHALORIDINE, open form


分子量: 340.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O4S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.926→63.417 Å / Num. all: 31135 / Num. obs: 31135 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 121668
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.93-2.030.1285.81661742790.0750.1480.1289.886.3
2.03-2.150.0987.41654442540.0570.1130.09812.389.3
2.15-2.30.0818.71553039910.0470.0930.08114.690.4
2.3-2.490.0699.61470637650.040.080.06916.591.6
2.49-2.720.05711.51372735000.0330.0660.05718.991.8
2.72-3.050.05112.21259832050.0290.0590.05120.793
3.05-3.520.04312.71108928230.0250.0490.04324.593.7
3.52-4.310.04212.4946624130.0240.0480.04227.294.2
4.31-6.090.04210.6736018740.0240.0490.04227.295.3
6.09-42.0210.0429.2403110310.0240.0490.0422895.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.93→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.404 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 1580 5.1 %RANDOM
Rwork0.1589 ---
obs0.1612 29548 91.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.98 Å2 / Biso mean: 15.23 Å2 / Biso min: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 44 484 4536
Biso mean--17.86 25.84 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.024227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.9885738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65939579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4165534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72725.102196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59615776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.161530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02896
LS精密化 シェル解像度: 1.926→1.976 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 107 -
Rwork0.173 2005 -
all-2112 -
obs--82.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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