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万見
- PDB-5ggz: Crystal structure of novel inhibitor bound with Hsp90 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ggz
タイトルCrystal structure of novel inhibitor bound with Hsp90
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードCHAPERONE/CHAPERONE INHIBITOR / Hsp90 / CHAPERONE-CHAPERONE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tau-protein kinase activity / sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane ...positive regulation of tau-protein kinase activity / sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / protein insertion into mitochondrial outer membrane / chaperone-mediated autophagy / telomerase holoenzyme complex assembly / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / dendritic growth cone / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / telomere maintenance via telomerase / protein unfolding / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / positive regulation of cell size / chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of protein-containing complex assembly / HSF1 activation / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of defense response to virus by host / eNOS activation / positive regulation of lamellipodium assembly / axonal growth cone / DNA polymerase binding / activation of innate immune response / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Signaling by ERBB2 / response to salt stress / cardiac muscle cell apoptotic process / endocytic vesicle lumen / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of cardiac muscle contraction / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of interferon-beta production / response to cold / protein tyrosine kinase binding / AURKA Activation by TPX2 / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / lysosomal lumen / ESR-mediated signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / ATP-dependent protein folding chaperone / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / brush border membrane / neuron migration / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Signaling by ERBB2 KD Mutants / tau protein binding / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of ERBB2 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / histone deacetylase binding / positive regulation of protein import into nucleus / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / response to estrogen / positive regulation of protein catabolic process / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / disordered domain specific binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / unfolded protein binding / melanosome
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6TN / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.015 Å
データ登録者Chen, T.T. / Li, J. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidines as Potent Inhibitors of Chaperone Heat Shock Protein 90
著者: Jiang, F. / Wang, H.J. / Jin, Y.H. / Zhang, Q. / Wang, Z.H. / Jia, J.M. / Liu, F. / Wang, L. / Bao, Q.C. / Li, D.D. / You, Q.D. / Xu, X.L.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Heat shock protein HSP 90-alpha
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
D: Heat shock protein HSP 90-alpha
C: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6298
ポリマ－94,1994
非ポリマー1,4304
水7,368409
1
B: Heat shock protein HSP 90-alpha
D: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8144
ポリマ－47,1002
非ポリマー7152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
C: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8144
ポリマ－47,1002
非ポリマー7152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.841, 88.581, 99.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Heat shock protein HSP 90-alpha / Hsp90


分子量: 23549.752 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosseta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物
ChemComp-6TN / [2,4-bis(oxidanyl)-5-propan-2-yl-phenyl]-(2-ethoxy-7,8-dihydro-5~{H}-pyrido[4,3-d]pyrimidin-6-yl)methanone


分子量: 357.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The authors believe that the sequence is correct and there are the true identities of these residues.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 % / Mosaicity: 0.378 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M MgCl2, 26% Peg 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 68734 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/av σ(I): 12.092 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.0320.523193.8
2.03-2.0720.467193.2
2.07-2.1120.429193.2
2.11-2.1520.403193.1
2.15-2.220.381193
2.2-2.2520.333193.1
2.25-2.3120.308192.3
2.31-2.3720.293192.2
2.37-2.4420.268192.6
2.44-2.5220.245191.9
2.52-2.6120.232191.8
2.61-2.7120.215191.4
2.71-2.8420.188191.3
2.84-2.9920.178190.7
2.99-3.1720.165190.3
3.17-3.4220.156189.3
3.42-3.762.10.123188.7
3.76-4.312.10.098185.5
4.31-5.432.10.068188.5
5.43-502.20.038184.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.015→36.921 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1990 2.9 %
Rwork0.2075 --
obs0.2091 68699 89.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.94 Å2 / Biso mean: 27.986 Å2 / Biso min: 10.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.015→36.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6593 0 104 409 7106
Biso mean--23.78 29.68 -
残基数----837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0779187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6332525
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0149-2.06530.33481200.26623957407775
2.0653-2.12110.28191480.26944905505393
2.1211-2.18350.34171450.25964951509693
2.1835-2.2540.36671490.2534952510193
2.254-2.33450.30291370.23844866500393
2.3345-2.4280.28131500.22814895504592
2.428-2.53840.34731470.22954860500792
2.5384-2.67220.27911470.2244901504892
2.6722-2.83960.24111470.22564817496491
2.8396-3.05880.27411480.22214818496691
3.0588-3.36640.25661410.21244767490890
3.3664-3.85310.25571420.19134733487588
3.8531-4.85270.21991310.15854652478387
4.8527-36.92680.21411380.17344635477385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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