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- PDB-5ggx: Crystal Structure of Fe3+ - Desferal bound siderophore binding pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ggx
タイトルCrystal Structure of Fe3+ - Desferal bound siderophore binding protein FhuD from Vibrio cholerae
要素Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vibrio cholerae / periplasmic protein / desferal / iron-Siderophore / ABC transporter / FhuD
機能・相同性ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DEFEROXAMINE MESYLATE FE(III) COMPLEX / Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Agarwal, S. / Dey, S. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DAE(BRNS) インド
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Fe3+ - Desferal bound siderophore binding protein FhuD from Vibrio cholerae
著者: Agarwal, S. / Biswas, M. / Dasgupta, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the periplasmic haem-binding protein HutB from Vibrio cholerae.
著者: Agarwal, S. / Biswas, M. / Dasgupta, J.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
B: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
C: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
D: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7218
ポリマ－124,8344
非ポリマー2,8864
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.145, 191.145, 129.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein


分子量: 31208.615 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 55-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A2582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AJ03
#2: 化合物
ChemComp-DEF / DEFEROXAMINE MESYLATE FE(III) COMPLEX


分子量: 721.622 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H49FeN6O11S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8M ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.1M Tris (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.79 Å / Num. obs: 37750 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.4→3.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFD

1efd


解像度: 3.4→43.055 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2014 5.35 %
Rwork0.2001 --
obs0.2021 37640 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→43.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8299 0 140 0 8439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86611856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0253198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4002-3.48520.29951410.29012535X-RAY DIFFRACTION100
3.4852-3.57940.3141420.27412487X-RAY DIFFRACTION100
3.5794-3.68470.28031410.26332543X-RAY DIFFRACTION100
3.6847-3.80350.30841430.25212510X-RAY DIFFRACTION100
3.8035-3.93940.31591420.25462524X-RAY DIFFRACTION100
3.9394-4.0970.29241400.22612514X-RAY DIFFRACTION100
4.097-4.28330.26631480.21572562X-RAY DIFFRACTION100
4.2833-4.50890.26361410.19382522X-RAY DIFFRACTION100
4.5089-4.79110.21531440.17942560X-RAY DIFFRACTION100
4.7911-5.16040.23971460.18822533X-RAY DIFFRACTION100
5.1604-5.67870.22971410.19312545X-RAY DIFFRACTION100
5.6787-6.4980.25411420.19912567X-RAY DIFFRACTION100
6.498-8.17760.18681510.16852590X-RAY DIFFRACTION100
8.1776-43.05810.14291520.13712634X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 110.8917 Å / Origin y: -30.6951 Å / Origin z: 6.6762 Å
111213212223313233
T0.399 Å2-0.0501 Å20.1107 Å2-0.3563 Å2-0.033 Å2--0.3905 Å2
L0.1173 °2-0.1394 °20.1448 °2-0.3739 °20.2049 °2--0.2116 °2
S-0.0127 Å °0.0117 Å °-0.1037 Å °0.0341 Å °-0.085 Å °0.0422 Å °0.0798 Å °-0.0541 Å °-0.0726 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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