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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gas | ||||||
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タイトル | Thermus thermophilus V/A-ATPase, conformation 2 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / V/A-ATPase / V-ATPase / A-ATPase / Thermus thermophilus / rotary ATPase / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | ||||||
![]() | Schep, D.G. / Zhao, J. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Models for the a subunits of the Thermus thermophilus V/A-ATPase and Saccharomyces cerevisiae V-ATPase enzymes by cryo-EM and evolutionary covariance. 著者: Daniel G Schep / Jianhua Zhao / John L Rubinstein / ![]() 要旨: Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the ...Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the membrane-embedded a subunit. The V/A-ATPase from the eubacterium Thermus thermophilus is similar in structure to the eukaryotic V-ATPase but has a simpler subunit composition and functions in vivo to synthesize ATP rather than pump protons. We determined the T. thermophilus V/A-ATPase structure by cryo-EM at 6.4 Å resolution. Evolutionary covariance analysis allowed tracing of the a subunit sequence within the map, providing a complete model of the rotary ATPase. Comparing the membrane-embedded regions of the T. thermophilus V/A-ATPase and eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae allowed identification of the α-helices that belong to the a subunit and revealed the existence of previously unknown subunits in the eukaryotic enzyme. Subsequent evolutionary covariance analysis enabled construction of a model of the a subunit in the S. cerevisae V-ATPase that explains numerous biochemical studies of that enzyme. Comparing the two a subunit structures determined here with a structure of the distantly related a subunit from the bovine F-type ATP synthase revealed a conserved pattern of residues, suggesting a common mechanism for proton transport in all rotary ATPases. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 696.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V-type ATP synthase ... , 6種, 11分子 ABCDEFGHKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 63628.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 50850.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 20481.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 23350.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 10824.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 3種, 15分子 IJNOPQRSTUVWXYZ
#4: タンパク質 | 分子量: 11752.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 72272.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 9841.714 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Intact Thermus thermophilus V/A-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Homemade nanofabricated 400 mesh copper/rhodium grid グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade nanofabricated |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Plunged into liquid ethane/propane (FEI VITROBOT MARK III). |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 34483 X / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 35.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 12 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9721 / 対称性のタイプ: POINT |