+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g6b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with two molecules of 7-((3-Fluorophenethylamino)ethyl)quinolin-2-amine | ||||||
![]() | NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holden, J.K. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting Bacterial Nitric Oxide Synthase with Aminoquinoline-Based Inhibitors. 著者: Holden, J.K. / Lewis, M.C. / Cinelli, M.A. / Abdullatif, Z. / Pensa, A.V. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 140.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5g65C ![]() 5g66C ![]() 5g67C ![]() 5g68C ![]() 5g69C ![]() 5g6aC ![]() 5g6cC ![]() 5g6dC ![]() 5g6eC ![]() 5g6fC ![]() 5g6gC ![]() 5g6hC ![]() 5g6iC ![]() 5g6jC ![]() 5g6kC ![]() 5g6lC ![]() 5g6mC ![]() 5g6nC ![]() 5g6oC ![]() 5g6pC ![]() 5g6qC ![]() 4lwaS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 299分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/M48.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/M48.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | SURFACE ENTROPY MUTATIONS E25A, E26A AND E316A |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % 解説: CC ONE HALF FOR HIGH RESOLUTION SHELL AT 0.790. DATA SET HAD STRONG ANISOTROPY AND WAS FURTHER SCALED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER. |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→37.6 Å / Num. obs: 44728 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4LWA 解像度: 1.801→37.597 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: MODEL WAS REFINED AGAINST REFLECTIONS SCALED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→37.597 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.6158 Å / Origin y: 19.5632 Å / Origin z: 22.5386 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |