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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g68 | ||||||
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タイトル | Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with 7-(2-(3-(3-Fluorophenyl(propylamino)methyl))quinolin-2- amine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Holden, J.K. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Targeting Bacterial Nitric Oxide Synthase with Aminoquinoline-Based Inhibitors. 著者: Holden, J.K. / Lewis, M.C. / Cinelli, M.A. / Abdullatif, Z. / Pensa, A.V. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g68.cif.gz | 172.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g68.ent.gz | 135.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5g68_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5g68_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5g68_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5g68_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5g65C 5g66C 5g67C 5g69C 5g6aC 5g6bC 5g6cC 5g6dC 5g6eC 5g6fC 5g6gC 5g6hC 5g6iC 5g6jC 5g6kC 5g6lC 5g6mC 5g6nC 5g6oC 5g6pC 5g6qC 4lwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165 |
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-非ポリマー , 9種, 334分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-H4B / | ||||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-BTB / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 化合物 | ChemComp-POL / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | SURFACE ENTROPY MUTATIONS E25A, E26A AND E316A |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: CC ONE HALF FOR HIGH RESOLUTION SHELL AT 0.856 |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→34.39 Å / Num. obs: 60680 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 23.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 51 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4LWA 解像度: 1.63→34.283 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→34.283 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.6686 Å / Origin y: 20.1416 Å / Origin z: 22.5371 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (CHAIN A AND RESSEQ 2:363) |