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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g5g | ||||||
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タイトル | Escherichia coli Periplasmic Aldehyde Oxidase | ||||||
![]() | (PUTATIVE XANTHINE DEHYDROGENASE ...) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PAOABC / XANTHINE OXIDASE FAMILY / HETEROTRIMER / E.COLI DETOXIFICATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxylate reductase / carboxylate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / oxidoreductase complex / cellular detoxification of aldehyde / molybdenum ion binding / : / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding ...carboxylate reductase / carboxylate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / oxidoreductase complex / cellular detoxification of aldehyde / molybdenum ion binding / : / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / oxidoreductase activity / iron ion binding / DNA damage response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Correia, M.A.S. / Otrelo-Cardoso, A.R. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Escherichia Coli Periplasmic Aldehyde Oxidoreductase is an Exceptional Member of the Xanthine Oxidase Family of Molybdoenzymes. 著者: Correia, M.A. / Otrelo-Cardoso, A.R. / Schwuchow, V. / Sigfridsson Clauss, K.G. / Haumann, M. / Romao, M.J. / Leimkuhler, S. / Santos-Silva, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 400.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-PUTATIVE XANTHINE DEHYDROGENASE ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 24370.664 Da / 分子数: 1 断片: PERIPLASMIC ALDEHYDE OXIDASE ALPHA SUBUNIT, RESIDUES 1-229 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33900.840 Da / 分子数: 1 断片: PERIPLASMIC ALDEHYDE OXIDASE BETA SUBUNIT, RESIDUES 1-318 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 78180.258 Da / 分子数: 1 断片: PERIPLASMIC ALDEHYDE OXIDASE GAMMA SUBUNIT, RESIDUES 1-732 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 10種, 1016分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MCN.gif)
![](data/chem/img/MOS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MCN.gif)
![](data/chem/img/MOS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IOD / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-ACT / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #10: 化合物 | ChemComp-FAD / | #11: 化合物 | ChemComp-MCN / | #12: 化合物 | ChemComp-MOS / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, AMMONIUM IODIDE, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48.32 Å / Num. obs: 137342 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.69 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 1RM6, 1T3Q, 1FFU, 1FFV 解像度: 1.7→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.871 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.32 Å
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拘束条件 |
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