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- PDB-5g4p: Crystal structure of human hippocalcin at 2.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g4p
タイトルCrystal structure of human hippocalcin at 2.4 A resolution
要素Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / CA BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to Aroclor 1254 / response to ketamine / regulation of voltage-gated calcium channel activity / cellular response to electrical stimulus / cellular response to L-glutamate / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / neuronal cell body membrane / dendritic spine head / inner ear development / positive regulation of protein targeting to membrane ...response to Aroclor 1254 / response to ketamine / regulation of voltage-gated calcium channel activity / cellular response to electrical stimulus / cellular response to L-glutamate / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / neuronal cell body membrane / dendritic spine head / inner ear development / positive regulation of protein targeting to membrane / dendrite membrane / cellular response to calcium ion / dendrite cytoplasm / calcium-mediated signaling / kinase binding / retina development in camera-type eye / actin binding / perikaryon / axon / glutamatergic synapse / calcium ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Helassa, N. / Lian, L.Y. / Haynes, L.P. / Burgoyne, R.D.
引用ジャーナル: Hum. Mol. Genet. / 年: 2017
タイトル: Biophysical and functional characterization of hippocalcin mutants responsible for human dystonia.
著者: Helassa, N. / Antonyuk, S.V. / Lian, L.Y. / Haynes, L.P. / Burgoyne, R.D.
履歴
登録2016年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
E: Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1478
ポリマ－44,9072
非ポリマー2406
水61334
1
A: Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5744
ポリマ－22,4531
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5744
ポリマ－22,4531
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.970, 50.970, 284.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A6 - 188
2114E6 - 188

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.866381, 0.488524, -0.10358), (-0.489584, -0.871797, -0.016675), (-0.098447, 0.036265, 0.994481)-1.75082, 4.80396, 23.27215

-
要素

#1: タンパク質 Neuron-specific calcium-binding protein hippocalcin / Calcium-binding protein BDR-2


分子量: 22453.402 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPCA, BDR2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P84074
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.5, 18% V/V 2-PROPANOL, 16% W/V PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→43.56 Å / Num. obs: 15734 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.07
反射 シェル解像度: 2.42→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AEQ

5aeq


解像度: 2.42→47.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 36.292 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27685 770 4.9 %RANDOM
Rwork0.22519 ---
obs0.22766 14886 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å2-1.28 Å20 Å2
2---2.56 Å20 Å2
3---8.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.42→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 6 34 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9674082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04436490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4515366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43124.675154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34915555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.271519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.483.2271477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4813.2231476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1814.8081834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.184.8131835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3243.3441591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3233.3481592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6684.8982249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.80330.33913091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.80330.34413092
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2815 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.670.5
medium thermal4.922
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 62 -
Rwork0.362 1057 -
obs--99.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0505-0.91560.71122.8293-0.71311.88280.22860.21040.1639-0.1517-0.5329-0.1593-0.02960.46950.30440.58430.13740.06150.73860.12130.0599.7257.0430.046
20.990.04330.69910.2840.35513.5787-0.454-0.25470.05160.1099-0.15960.13910.0899-0.5940.61360.73130.06880.05750.6503-0.10920.1356-8.8773.014-24.63
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2E5 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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