PDB-5g47: Structure of Gc glycoprotein from severe fever with thrombocytope...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g47

タイトル

Structure of Gc glycoprotein from severe fever with thrombocytopenia syndrome virus in the trimeric postfusion conformation

要素

SFTSV GC

キーワード

VIRAL PROTEIN / PHLEBOVIRUS / VIRAL MEMBRANE FUSION / GLYCOPROTEIN / CLASS II VIRAL FUSION / BUNYAVIRUS / HUAIYANGSHAN VIRUS / EMERGING VIRUS / ZOONOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SEVERE FEVER WITH THROMBOCYTOPENIA SYNDROME VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Halldorsson, S. / Behrens, A.J. / Harlos, K. / Huiskonen, J.T. / Elliott, R.M. / Crispin, M. / Brennan, B. / Bowden, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of a Phleboviral Envelope Glycoprotein Reveals a Consolidated Model of Membrane Fusion.
著者: Halldorsson, S. / Behrens, A. / Harlos, K. / Huiskonen, J.T. / Elliott, R.M. / Crispin, M. / Brennan, B. / Bowden, T.A.

履歴

登録	2016年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct / struct_biol / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g47.cif.gz	492.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g47.ent.gz	413.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g47_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g47_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	5g47_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	5g47_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ljz-1 5yow-1 3p4q-2 3p4q-1 1nek-d 1l0v-2 1kf6-2 4ysz-1 30594 1l0v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SFTSV GC

B: SFTSV GC

C: SFTSV GC

ヘテロ分子

144 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.360, 152.270, 160.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2017- HOH
2	1	B-2015- HOH

#1: タンパク質

SFTSV GC

分子量: 47721.203 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 563-996 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SEVERE FEVER WITH THROMBOCYTOPENIA SYNDROME VIRUS (ウイルス)
プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: R4V2Q5

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 45% PENTAERYTHRIOTOL 426, 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.008
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 M6 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→108.51 Å / Num. obs: 66293 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 61.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.45→108.511 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	3096	4.7 %
R_work	0.1936	-	-
obs	0.1954	66125	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→108.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9582	0	43	101	9726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5	13347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.486	6000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1704

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8286	1.6317	1.0186	1.681	0.5727	1.0325	0.1957	-0.7904	0.1466	0.1559	-0.3594	0.0774	-0.1071	-0.3002	0.1363	0.4464	0.0667	0.0422	0.6031	-0.0558	0.385	-25.9167	-16.1167	-9.8874
2	1.7962	1.7494	0.6109	3.1703	1.9534	1.9113	0.2213	0.3889	-0.531	-0.8107	-0.3578	0.9812	0.2056	-0.6144	0.0115	0.9012	0.0451	-0.317	0.8794	-0.2178	1.3048	-73.9659	-51.8401	-49.3255
3	2.2262	0.9271	1.4111	1.4907	1.2024	1.5788	0.2066	-0.3224	-0.3577	0.1133	-0.1785	0.251	0.1836	-0.252	-0.0569	0.4163	-0.0048	0.0196	0.5498	0.0606	0.4921	-48.1992	-35.0763	-25.8513
4	2.025	0.5347	-0.0223	2.4597	0.204	0.5217	0.1029	-0.4236	-0.6217	0.2278	-0.1424	-0.1419	0.2052	-0.1523	0.0525	0.5492	-0.0553	0.0125	0.7645	0.1848	0.568	-24.8711	-38.3432	-9.436
5	2.6115	0.9899	1.3338	2.6038	-0.3325	3.2157	-0.5577	0.1713	0.2614	-0.0914	0.2379	-0.3056	-0.4937	0.0597	0.2653	0.5821	-0.0424	-0.0464	0.4392	-0.022	0.4513	-10.4575	-4.2399	-21.4572
6	1.8874	0.6471	0.7489	0.7566	0.2439	0.8985	-0.2944	0.7088	-0.3193	-0.7472	0.3292	0.3147	-0.1924	-0.033	-0.0036	0.8699	-0.0813	-0.1599	0.7886	-0.0752	0.6372	-45.5871	-41.443	-59.0404
7	1.3795	0.946	0.5842	1.6766	0.3292	0.4169	-0.1937	0.3983	-0.043	-0.5407	0.2269	0.1243	-0.192	0.1208	0.0335	0.6973	-0.0082	-0.0339	0.4588	-0.0144	0.3517	-31.2235	-23.4717	-45.4629
8	1.8976	1.1841	-0.2265	3.1063	1.1743	1.8031	-0.2923	0.4598	-0.0282	-0.7856	0.0804	0.4372	-0.2108	-0.0841	0.1915	0.716	0.0032	-0.1601	0.6551	-0.0195	0.6016	-44.3408	-33.7462	-50.6697
9	4.0171	1.0769	3.1008	0.7239	0.7452	2.4085	-0.4122	0.1425	0.446	-0.7114	0.1711	0.1799	-0.242	0.0562	0.2585	0.7315	0.0164	-0.0013	0.4169	0.0698	0.4058	-27.0641	-13.4064	-33.8913
10	3.5693	0.9119	0.3402	0.9488	0.717	2.073	-0.2944	-0.689	0.6087	-0.1732	-0.1811	0.5355	-0.2932	-0.8401	0.424	0.659	0.1791	-0.1023	0.7964	-0.0841	0.7174	-39.0836	-5.5941	-22.8192
11	2.8505	1.3493	1.1824	2.9546	1.2258	1.8801	-0.0533	-0.6803	0.7645	-0.0886	-0.4031	0.7365	-0.0134	-1.0756	0.3972	0.6731	0.191	-0.1025	1.16	-0.2141	0.9721	-49.4528	-10.66	-22.0653
12	2.1805	1.6249	0.879	2.8008	1.354	1.0636	-0.0351	0.0538	-0.5889	-0.2441	-0.0118	0.0175	0.0202	-0.1349	0.0234	0.4367	0.0299	-0.0289	0.3738	0.0243	0.5989	-32.1744	-49.1772	-33.7975
13	3.0051	1.5922	1.3887	1.8502	0.892	1.0008	0.0211	0.1489	-0.8134	-0.1476	0.1969	-0.263	0.0415	0.0696	-0.2336	0.3972	0.0182	0.0224	0.3934	0.0172	0.6687	-26.4606	-45.3942	-33.6366
14	1.4131	1.8241	1.9402	2.7968	2.1976	2.8725	-0.0786	0.2155	-0.5274	-0.0158	0.2972	-0.4158	0.1637	0.4706	-0.1519	0.4783	-0.0018	0.0496	0.5039	-0.0005	0.6908	-14.5248	-33.4605	-28.4648
15	2.4983	1.4997	1.3167	2.3559	1.1355	3.9118	-0.4756	1.1133	-0.591	-0.8545	0.6956	-0.4934	-0.3089	0.6732	-0.1496	0.7798	-0.1569	0.2081	0.7614	-0.1469	0.6558	-9.9064	-23.2577	-44.7075

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 563 THROUGH 640 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 641 THROUGH 703 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 704 THROUGH 863 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 864 THROUGH 996 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 563 THROUGH 614 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 615 THROUGH 696 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 697 THROUGH 769 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 770 THROUGH 863 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 864 THROUGH 895 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 896 THROUGH 954 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 955 THROUGH 996 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 563 THROUGH 726 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 727 THROUGH 863 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 864 THROUGH 894 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 895 THROUGH 996 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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