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万見
- PDB-5g46: Ligand complex of RORg LBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g46
タイトルLigand complex of RORg LBD
要素
  • NUCLEAR RECEPTOR ROR-GAMMA
  • RORG
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / RORG LIGAND / FRAGMENT SCREEN / STRUCTURE-BASED DESIGN / SIMULTANEOUS BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / lymph node development / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / adipose tissue development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHYL-4(1H)-QUINOLINONE / Nuclear receptor ROR-gamma / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Xue, Y. / Guo, H. / Hillertz, P.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: Fragment Screening of Rorgammat Using Cocktail Crystallography: Identification of Simultaneous Binding of Multiple Fragments.
著者: Xue, Y. / Guo, H. / Hillertz, P.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR RECEPTOR ROR-GAMMA
C: RORG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3234
ポリマ－32,1272
非ポリマー1962
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-13.6 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.960, 61.960, 154.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR RECEPTOR ROR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR RZR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP F MEMBER 3 / RAR-RELATED ORPHAN ...NUCLEAR RECEPTOR RZR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP F MEMBER 3 / RAR-RELATED ORPHAN RECEPTOR C / RETINOID-RELATED ORPHAN RECEPTOR-GAMMA


分子量: 30901.402 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 265-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド RORG


分子量: 1225.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-6VD / 2-ETHYL-4(1H)-QUINOLINONE


分子量: 173.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→42.15 Å / Num. obs: 30840 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 35.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 1.76→42.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9606 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 1549 5.04 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1872 30760 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3501 Å20 Å20 Å2
2---1.3501 Å20 Å2
3---2.7002 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→42.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2083 0 14 203 2300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.92879HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d772SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2140HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion262SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2607SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 124 4.17 %
Rwork0.2363 2853 -
all0.2385 2977 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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