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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g3n | ||||||
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タイトル | Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED | ||||||
![]() | HYDROLASE / SPLA2 / SECRETED PHOSPHOLIPASE A2 / CARDIOVASCULAR DISEASE / INHIBITOR / FRAGMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / phospholipase A2 activity / low-density lipoprotein particle remodeling / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / Antimicrobial peptides / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / secretory granule / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sandmark, J. / Bodin, C. / Hallberg, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of Azd2716: A Novel Secreted Phospholipase A2 (Spla2) Inhibitor for the Treatment of Coronary Artery Disease 著者: Giordanetto, F. / Pettersen, D. / Starke, I. / Nordberg, P. / Dahlstrom, M. / Knerr, L. / Selmi, N. / Rosengren, B. / Larsson, L.O. / Sandmark, J. / Castaldo, M. / Dekker, N. / Karlsson, U. / Hurt-Camejo, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.3229, -0.9462, -0.01958), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14221.306 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N1A, T76A MUTATION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 3.0-3.5M SODIUM FORMATE AND 100MM HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→24.6 Å / Num. obs: 23401 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2234. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2234. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 12
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