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- PDB-5g3n: Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3n
タイトルDiscovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor.
要素PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED
キーワードHYDROLASE / SPLA2 / SECRETED PHOSPHOLIPASE A2 / CARDIOVASCULAR DISEASE / INHIBITOR / FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / phospholipase A2 activity / low-density lipoprotein particle remodeling / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / Antimicrobial peptides / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / secretory granule / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-X28 / Phospholipase A2, membrane associated
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sandmark, J. / Bodin, C. / Hallberg, K.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Azd2716: A Novel Secreted Phospholipase A2 (Spla2) Inhibitor for the Treatment of Coronary Artery Disease
著者: Giordanetto, F. / Pettersen, D. / Starke, I. / Nordberg, P. / Dahlstrom, M. / Knerr, L. / Selmi, N. / Rosengren, B. / Larsson, L.O. / Sandmark, J. / Castaldo, M. / Dekker, N. / Karlsson, U. / Hurt-Camejo, E.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED
B: PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,41410
ポリマ－28,4432
非ポリマー9718
水4,089227
1
A: PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7075
ポリマ－14,2211
非ポリマー4864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7075
ポリマ－14,2211
非ポリマー4864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.100, 66.530, 73.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3229, -0.9462, -0.01958), (0.9463, -0.3231, 0.008015), (-0.01391, -0.01595, 0.9998)
ベクター: 40.31, 22.81, 4.811)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2, MEMBRANE ASSOCIATED / 3SECRETED PHOSPHOLIPASE A2 TYPE IIA / GIIC SPLA2 / GROUP IIA PHOSPHOLIPASE A2 / NON-PANCREATIC ...3SECRETED PHOSPHOLIPASE A2 TYPE IIA / GIIC SPLA2 / GROUP IIA PHOSPHOLIPASE A2 / NON-PANCREATIC SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 / NPS-PLA2 / PHOSPHATIDYLCHOLINE 2-ACYLHYDROLASE 2A


分子量: 14221.306 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14555, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-X28 / 3-(5'-BENZYL-2'-CARBAMOYLBIPHENYL-3-YL)PROPANOIC ACID


分子量: 359.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N1A, T76A MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 3.0-3.5M SODIUM FORMATE AND 100MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.6 Å / Num. obs: 23401 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→24.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9437 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9278 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2234. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2234. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1201 5.14 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1966 23380 95.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5781 Å20 Å20 Å2
2---0.6992 Å20 Å2
3----0.879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1947 0 64 227 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112061HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.082757HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d727SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes33HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes333HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2061HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion250SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2555SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3285 148 5.31 %
Rwork0.3034 2640 -
all0.3048 2788 -
obs--95.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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