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- PDB-5g3l: ESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3l
タイトルESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER COMPLEXED WITH SIALYLATED SUGAR
要素(HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B ...) x 2
キーワードTOXIN / ENTEROTOXIN / ECOLI / B SUBUNIT / SIALIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #50 / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Zalem, D. / Benktander, J. / Ribeiro, J.P. / Varrot, A. / Lebens, M. / Imberty, A. / Teneberg, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Novel Sialic Acid-Binding Site of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin Lt-Iib.
著者: Zalem, D. / Ribeiro, J.P. / Varrot, A. / Lebens, M. / Imberty, A. / Teneberg, S.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. ... SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,06414
ポリマ－53,9395
非ポリマー2,1259
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-131.4 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.564, 68.015, 154.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.724, 0.649, -0.233), (-0.536, 0.318, -0.782), (-0.434, 0.691, 0.578)-0.48251, 1.35139, -0.08973
2given(0.244, 0.533, -0.81), (-0.214, -0.785, -0.581), (-0.946, 0.315, -0.078)0.47165, 2.1172, 0.34673
3given(0.237, -0.222, -0.946), (0.531, -0.786, 0.317), (-0.814, -0.577, -0.068)1.58405, 1.23582, 0.68622
4given(0.705, -0.556, -0.439), (0.668, 0.314, 0.675), (-0.237, -0.769, 0.593)1.29573, -0.07361, 0.47466

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要素

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HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B ... , 2種, 5分子 DEHFG

#1: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN


分子量: 10794.190 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 24-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: HB101 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529
#2: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN IIB, B CHAIN


分子量: 10778.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: HB101 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 593分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細TERMINAL GLUTAMATE WAS CLEAVED IN SOME CHAINS. OXIDATION WAS OBSERVED IN METHIONINE69. THE ...TERMINAL GLUTAMATE WAS CLEAVED IN SOME CHAINS. OXIDATION WAS OBSERVED IN METHIONINE69. THE NUMBERING CORRESPONDS TO ONE OF THE MATURE PROTEIN (NO PEPTIDE SIGNAL).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M KCL, 0.1M NA2CO3, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.56 Å / Num. obs: 54271 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TII

1tii


解像度: 1.72→46.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19659 2713 5 %RANDOM
Rwork0.17106 ---
obs0.1723 51509 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.705 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3713 0 142 589 4444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.023971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9785390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.15838501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7995498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64924.586157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88615645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5521.5041989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.551.5041988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3042.2472488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4911.8551982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 186 -
Rwork0.262 3677 -
obs--96.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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