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- PDB-5g37: MR structure of the binary mosquito larvicide BinAB at pH 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g37
タイトルMR structure of the binary mosquito larvicide BinAB at pH 5
要素
  • 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN
  • LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN
キーワードTOXIN / BINAB INSECTICIDAL TOXIN / PORE FORMING TOXIN / XFEL / SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY / DE NOVO MIRAS PHASING / IN VIVO CRYSTALS
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Insecticidal crystal toxin / Insecticidal Crystal Toxin, P42 / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Binary larvicide subunit BinA / Binary larvicide subunit BinB
類似検索 - 構成要素
生物種LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. ...Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / DePonte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / W Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.L. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: De Novo Phasing with X-Ray Laser Reveals Mosquito Larvicide Binab Structure.
著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / ...著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / Deponte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.K. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2016年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.52019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN
B: LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9702
ポリマ－92,9702
非ポリマー00
水12,935718
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area33980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.787, 96.996, 127.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN / STRAINS 1593/2362/2317.3 / TOXIC COMPONENT OF BINARY TOXIN BINAB


分子量: 41483.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: 2362 / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1
発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR ISRAELENSIS (バクテリア)
株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P06575
#2: タンパク質 LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN / STRAINS 1593/2362 / RECEPTOR BINDING COMPONENT OF BINARY TOX IN BINAB


分子量: 51486.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: 2362 / 解説: NATURALLY OCCURRING NANO-CRYSTALS / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1
発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR ISRAELENSIS (バクテリア)
株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P10565
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ONLY RESIDUES 3-366 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY ONLY RESIDUES 29-448 ARE DEFINED IN THE ...ONLY RESIDUES 3-366 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY ONLY RESIDUES 29-448 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: NATURALLY OCCURRING NANOCRYSTALS FORMED IN VIVO, pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.459 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: CORNELL-SLAC / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月13日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 5495157 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.45 / 冗長度: 76.62 % / Biso Wilson estimate: 28.41 Å2 / CC1/2: 0.868 / Net I/σ(I): 6.34
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.61 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / CC1/2: 0.28 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FOY

5foy


解像度: 2.5→24.643 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 1813 5 %
Rwork0.2111 --
obs0.2137 36193 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6322 0 0 718 7040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4489046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3353996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56760.42711310.35722426X-RAY DIFFRACTION89
2.5676-2.6430.40571300.33122475X-RAY DIFFRACTION91
2.643-2.72820.42641340.31062492X-RAY DIFFRACTION92
2.7282-2.82560.3821350.30172537X-RAY DIFFRACTION94
2.8256-2.93860.3331370.27692585X-RAY DIFFRACTION94
2.9386-3.07210.31291370.2492629X-RAY DIFFRACTION97
3.0721-3.23370.2931390.2342650X-RAY DIFFRACTION97
3.2337-3.43580.27011400.2092686X-RAY DIFFRACTION98
3.4358-3.70030.25531400.17962694X-RAY DIFFRACTION98
3.7003-4.07110.2131460.16962746X-RAY DIFFRACTION99
4.0711-4.65680.19971440.14782755X-RAY DIFFRACTION99
4.6568-5.85410.1841460.15722788X-RAY DIFFRACTION99
5.8541-24.6440.19931540.18182917X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.8554 Å / Origin y: 37.721 Å / Origin z: 13.4776 Å
111213212223313233
T0.2912 Å20.0195 Å2-0.0057 Å2-0.2935 Å20.0003 Å2--0.2872 Å2
L0.2209 °20.1415 °20.0434 °2-0.437 °20.1279 °2--0.2866 °2
S0.0056 Å °0.0151 Å °0.006 Å °-0.0017 Å °0.0102 Å °-0.0113 Å °-0.0405 Å °0.0092 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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