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万見
- PDB-5g0z: Structure of native granulovirus polyhedrin determined using an X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g0z
タイトルStructure of native granulovirus polyhedrin determined using an X-ray free-electron laser
要素GRANULIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FEL / NATIVE CRYSTALS / NANO CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Granulin
機能・相同性情報
生物種CYDIA POMONELLA GRANULOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Gati, C. / Bunker, R.D. / Oberthur, D. / Metcalf, P. / Henry, C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Atomic structure of granulin determined from native nanocrystalline granulovirus using an X-ray free-electron laser.
著者: Gati, C. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Bunker, R.D. / Stellato, F. / Chiu, E. / Yeh, S.M. / Aquila, A. / Basu, S. / Bean, R. / Beyerlein, K.R. / Botha, S. / Boutet, S. / DePonte, D.P. / ...著者: Gati, C. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Bunker, R.D. / Stellato, F. / Chiu, E. / Yeh, S.M. / Aquila, A. / Basu, S. / Bean, R. / Beyerlein, K.R. / Botha, S. / Boutet, S. / DePonte, D.P. / Doak, R.B. / Fromme, R. / Galli, L. / Grotjohann, I. / James, D.R. / Kupitz, C. / Lomb, L. / Messerschmidt, M. / Nass, K. / Rendek, K. / Shoeman, R.L. / Wang, D. / Weierstall, U. / White, T.A. / Williams, G.J. / Zatsepin, N.A. / Fromme, P. / Spence, J.C. / Goldie, K.N. / Jehle, J.A. / Metcalf, P. / Barty, A. / Chapman, H.N.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 2.02018年11月14日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 2.12019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3791
ポリマ－29,3791
非ポリマー00
水1,74797
1
A: GRANULIN
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,54312
ポリマ－352,54312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area75110 Å2
ΔGint-369.7 kcal/mol
Surface area128450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.400, 103.400, 103.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2093-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GRANULIN / MATRIX PROTEIN / GRANULOVIRUS POLYHEDRIN


分子量: 29378.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CYDIA POMONELLA GRANULOVIRUS (ウイルス)
参照: UniProt: P87577
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 82603

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23 % / 解説: NONE
結晶化詳細: IN VIVO

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.56 / 波長: 1.56 Å
検出器タイプ: CORNELL-SLAC PIXEL ARRAY DETECTOR / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 12600 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6008 % / Biso Wilson estimate: 38.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.59
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1258 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / CC1/2: 0.677 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
CrystFELV. 0.5.2データ削減
CrystFELV. 0.5.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JVB

3jvb


解像度: 2.001→36.557 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-5 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 1231 9.8 %
Rwork0.1478 --
obs0.1517 12596 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→36.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 0 97 2120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7392841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.52780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0011-2.08120.42281280.36641275X-RAY DIFFRACTION100
2.0812-2.17590.2791500.2621215X-RAY DIFFRACTION100
2.1759-2.29060.27441210.23091277X-RAY DIFFRACTION100
2.2906-2.43410.22411390.18021237X-RAY DIFFRACTION100
2.4341-2.6220.23991290.17771256X-RAY DIFFRACTION100
2.622-2.88570.22521400.15981270X-RAY DIFFRACTION100
2.8857-3.30310.18011400.13911247X-RAY DIFFRACTION100
3.3031-4.16060.13731480.10791257X-RAY DIFFRACTION100
4.1606-36.56350.15441360.1151328X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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