+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g0x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pseudomonas aeruginosa HDAH bound to acetate. | ||||||
![]() | HDAH | ||||||
![]() | HYDROLASE / HDAH / HDAC / HDLP | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / hydrolase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kraemer, A. / Meyer-Almes, F.J. / Yildiz, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Histone Deacetylase Homologue from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Kramer, A. / Wagner, T. / Yildiz, O. / Meyer-Almes, F.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 313.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 255.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 469.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 40967.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 548分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EPE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→75.69 Å / Num. obs: 77011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZZ0 解像度: 1.7→75.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.249 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.061 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→75.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|